Lê Hữu Trác qua đời vào năm 1791 tại quê mẹ ở thôn Bầu Thượng, xã Tĩnh Diễm, huyện Hương Sơn, thọ 71 tuổi. Ông là đại danh y có đóng góp lớn cho nền y học dân tộc Việt Nam. Ông đã kế thừa xuất sắc sự nghiệp "Nam dược trị Nam nhân" của Tuệ Tĩnh thiền sư. Các tác phẩm ông để lại đã trở thành nguồn tư liệu quý giá cho ngành y học cổ truyền dân tộc.
Để vinh danh Lê Hữu Trác, nhiều đường, phố khắp Việt Nam được đặt theo biệt hiệu Hải Thượng Lãn Ông của ông như ở TP HCM, Hà Tĩnh, Hưng Yên…