Năm 1613, Phùng Khắc Khoan mất, thọ 86 tuổi, được truy tặng Thái phó. Để tưởng nhớ công ơn của ông, người dân Phùng Xá (Thạch Thất, Hà Nội) đã lập đền thờ.
Nhiều đường, phố, trường học ở các tỉnh, thành được đặt theo tên của ông, tiêu biểu là ở Hà Nội và TP HCM. Đường Phùng Khắc Khoan ở TP HCM nằm ngay quận 1 (quận trung tâm). Ở Hà Nội, đường này thuộc quận Hai Bà Trưng.