Khi thấy mình tuổi già sức yếu, nhiều bạn đồng tuế đồng niên đã chầu tiên tổ, Nguyễn Khuyến lấy giấy bút, viết lại đôi hàng di chúc:
Sống không để tiếng đời ta than
Chết được về quê quán hương thôn,
Mới hay trăm sự vuông tròn
Sống lâu đã trải, chết chôn chờ gì?
Việc tống tang nhung nhăng qua quýt
Cúng cho thầy một ít rượu, hoa.
Để vào mấy chữ trong bia,
Rằng: "Quan nhà Nguyễn cáo về đã lâu".
Ngày rằm tháng giêng Kỷ Dậu (1909), Nguyễn Khuyến ra đi, để lại cho đời một nhân cách cao đẹp và khối lượng tác phẩm lớn có giá trị. Để tưởng nhớ, ngày nay nhiều trường học, đường phố khắp tỉnh thành đặt theo tên của Nguyễn Khuyến.