Galaxy S21 Ultra là smartphone đầu tiên của dòng Galaxy S tương thích với bút S Pen. Đây cũng là khác biệt lớn nhất của bản Ultra so với S21 và S21+. Cùng phiên bản bút tiêu chuẩn giống dòng Note, Samsung còn giới thiệu bút mới tên S Pen Pro với kích thước lớn hơn, cho trải nghiệm cầm và viết giống bút thật hơn.
Do không được thiết kế vị trí riêng để cất bút, người dùng Galaxy S21 Ultra cần một ốp lưng đặc biệt. Phần chứa bút đặt bên trái và khiến tổng thể máy lớn hơn. Samsung sẽ bán cả bút và bộ ốp lưng đặc biệt cùng S21 Ultra ngay trong tháng một.
S Pen dành riêng cho S21 Ultra có giá 40 USD trong khi ốp lưng có chỗ để bút giá khoảng 70 USD. Người dùng có thể mua các loại bút S Pen của dòng Note để sử dụng trên S21 Ultra với giá từ 25 đến 40 USD.