Sau hai lần trì hoãn, cuộc đua mới chính thức diễn ra. Điều kiện thời tiết bất lợi không làm thay đổi cách tiếp cận của những ông lớn. Ngay từ lúc bắt đầu, cả ba đội đua nhà máy Honda, Yamaha và Ducati đã cật lực vít ga bất chấp điều kiện thời tiết để rồi sau đó, chiếc xe đỏ của Ducati cán đích đầu tiên.
Lorenzo với lợi thế xuất phát tốt đã vươn lên dẫn đầu đoàn đua ngay tại khúc cua đầu tiên. Nhưng, chỉ hai vòng sau đó, Rossi, Marquez, Dovizioso và Iannone đã đẩy nhà vô địch 2015 xuống vị trí thứ năm. Kể từ thời điểm này, cuộc rượt đuổi giữa bộ đôi Ducati và Rossi chính thức bắt đầu.
Sau vài vòng nhấn ga, Iannone giành được vị trí thứ nhất từ tay Rossi. Cả hai tay đua liên tục chiến đấu cho vị trí này trong hơn mười vòng chạy. Ở phía sau, Andrea Dovizioso lặng lẽ bám theo với Marquez và Lorenzo nối đuôi. Tay đua đội vệ tinh của Honda là Cal Crutchlow nhanh chóng gia nhập vào cuộc chiến phía sau Dovizioso. Crutchlow lần lượt vượt số 99 và 93 trước khi ngã tại T2 ở vòng 12. Ở cùng vòng chạy, điều kiện đường đua trơn trượt đã đẩy Marquez ra ngoài tại T11. Ba tay đua dẫn đầu lúc này đã bỏ Lorenzo khá xa.
Khi cuộc so kè giữa lão tướng Rossi và Iannone đang diễn ra quyết liệt thì tay đua đội Ducati bất ngờ ngã tại vòng thứ 9. Dovizioso lập tức áp sát "The Doctor". Ở vòng đua thứ 15, do một pha vào cua rộng, tay đua Yamaha ngậm ngùi để Dovizioso vượt lên khi cuộc đua chỉ còn lại bốn vòng. Cuộc đua tại GP Malaysia kết thúc với cơn mưa đã bớt nặng hạt. Năm vị trí về đích đầu tiên lần lượt thuộc về Andrea Dovizioso, Valentino Rossi, Jorge Lorenzo, Hector Barbera và Loris Baz. Tay đua Suzuki Vinales cán đích thứ 6, trong khi Marquez kết thúc ở vị trí thứ 11.
Đây là chiến thắng chặng thứ hai của Andrea Dovizioso sau bảy năm chờ đợi, cũng là chặng đua đánh dấu người chiến thắng thứ chín trong 17 cuộc đua của MotoGP từ đầu mùa giải đến giờ - một con số kỉ lục. Với việc tay đua Honda Marc Marquez đã vô địch trước ba vòng đấu, cuộc chiến hiện tại thuộc về hai tay lái Yamaha cho vị trí thứ hai chung cuộc.
Thảo Giang