Từ tháng 4/2020, Việt Nam bắt đầu tổ chức các chuyến bay giải cứu, chuyến bay combo (công dân tự trả phí) đưa công dân về nước khi tình hình Covid-19 phức tạp. Doanh nghiệp muốn tổ chức phải được sự chấp thuận của tỉnh nơi thực hiện cách ly khi công dân về nước, Bộ Ngoại giao, Công an, Y tế, Giao thông Vận tải và Văn phòng Chính phủ.
Theo kết luận của Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an, hơn 100 doanh nghiệp được cấp phép thực hiện chuyến bay đưa công dân hồi hương. Để có chi phí "bôi trơn", doanh nghiệp phải nâng giá vé máy bay, "vẽ" thêm nhiều chi phí phát sinh với khách hàng có nhu cầu về nước giữa đại dịch.
Hiện chưa có thông tin về chi phí cụ thể doanh nghiệp phải bỏ ra để "bôi trơn" cho mỗi chuyến bay. Tuy nhiên, kết luận của công an nêu nhóm bị can là công an tại Cục Quản lý Xuất nhập cảnh (Bộ Công an), thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế, đã yêu cầu doanh nghiệp chi 50-230 triệu đồng cho phần thủ tục "qua tay" họ cho một chuyến.
Không chỉ bị quan chức trong nước gây sức ép, doanh nghiệp còn phải chung chi cho một số cán bộ tại đại sứ quán.
Kết quả điều tra xác định, từ tháng 5/2020 đến tháng 1/2022, Đại sứ quán Việt Nam ở Malaysia tổ chức 21 chuyến bay. Trong đó có 8 chuyến bay giải cứu đưa gần 1.900 người mãn hạn tù ở 19 trại về nước, cách ly tập trung ở cơ sở của quân đội.
Ông Trần Việt Thái với cương vị là Đại sứ đặc mệnh toàn quyền Việt Nam ở Malaysia đã phân công hai Bí thư thứ 2 là Nguyễn Hoàng Linh và Nguyễn Lê Ngọc Anh xây dựng kế hoạch. Sau khi khảo sát, nhóm ba cán bộ này thống nhất thu của mỗi người mãn hạn tù 20,3 triệu đồng, ai không có hộ chiếu bị thu thêm 4,6 triệu đồng.
Đại sứ quán sau đó thông báo mức tiền trên cho từng người mãn hạn tù, người thân của họ và chủ lao động. Ai có nhu cầu về nước phải nộp tiền nhưng không biết được chi vào các khoản cụ thể nào. Kết quả, nhóm bị can Thái, Linh, Lê Anh đã thu 44,6 tỷ đồng của gần 1.900 người.
Các bị can khai dùng 33 tỷ đồng lo chi phí tổ chức 8 chuyến bay. Trong đó tiền vé máy bay 16,5 tỷ đồng, làm hộ chiếu 1,9 tỷ đồng, phát tiền tại sân bay 5,4 tỷ đồng, bồi dưỡng cho cán bộ tại trại chờ và chi phí xét nghiệm Covid-19 là 7,9 tỷ đồng...
Sau khi trừ các chi phí, họ lãi 11,6 tỷ đồng. Trừ đi các khoản ăn chia tập thể, bỏ 5 tỷ đồng vào quỹ đơn vị, ông Thái được hưởng lợi 580 triệu đồng, Ngọc Anh và Hoàng Linh mỗi người 480 triệu đồng, cơ quan điều tra cáo buộc.
Ngoài Malaysia, sai phạm khi thực hiện chuyến bay đưa công dân về nước còn xảy ra ở Nhật Bản, Angola.
Tại Nhật Bản, Đại sứ quán Việt Nam đã tổ chức 57 chuyến bay giải cứu. Nhưng do số người muốn về nước rất lớn, Đại sứ Vũ Hồng Nam đã gửi nhiều công điện, điện mật về nước đề nghị Chính phủ tăng cường các chuyến bay giải cứu hoặc chuyến bay combo.
Khi biết chủ trương này, Lê Văn Nghĩa, Giám đốc Công ty Nhật Minh, đề nghị ông Nam cho bán vé máy bay và đưa công dân về nước, cách ly tại khách sạn của mình ở Khánh Hoà. Ông Nam đồng ý, ký công điện gửi tỉnh Khánh Hoà, Thanh Hoá, Thái Nguyên xin cho công dân được cách ly tại các địa phương này.
Từ tháng 11/2020 đến cuối tháng 9/2021, ông Nam xin được Cục Lãnh sự cấp phép 6 chuyến bay, đưa gần 1.500 công dân về nước. Việc này bị cơ quan điều tra đánh giá là "không đúng chức năng, vượt quá thẩm quyền của Đại sứ quán".
"Giấy phép thông hành xong", ông Nam cung cấp danh sách công dân đăng ký với Đại sứ quán cho công ty của Nghĩa để liên hệ bán vé máy bay, khách sạn. Có chuyến bay, Nghĩa tự bán vé combo mà không thông qua Đại sứ quán.
Kết luận xác định, Nghĩa tham gia tổ chức 6 chuyến bay, thu lợi nhuận khoảng 18 tỷ đồng. Anh ta hai lần đưa hối lộ 1,8 tỷ đồng cho ông Nam.
Tại Nhật Bản, ông Nguyễn Hồng Hà, Tổng lãnh sự tại Osaka, thống nhất cùng Nguyễn Thị Thanh Hằng, Phó giám đốc Công ty Bầu trời xanh, để tổ chức chuyến bay đưa công dân về nước. Ông Hà sẽ chịu trách nhiệm xin Cục Lãnh sự cho tổ chức chuyến bay, còn can Hằng lo thủ tục thuê máy bay, bán vé. Hai bên thống nhất chia đôi lợi nhuận từ các chuyến bay.
Tháng 6/2021, ông Hà cùng Hằng tổ chức thành công 2 chuyến bay đưa 440 công dân về nước. Công ty của Hằng lãi khoảng 3 tỷ đồng nên đã chuyển khoản cho ông Hà gần 1,5 tỷ đồng. Hai tháng sau, bà Hằng được ông Hà xin Cục lãnh sự giúp cho tổ chức 2 chuyến bay nên "cảm ơn" 600 triệu đồng.
Tại Angola, Đại sứ Vũ Ngọc Minh đã đồng ý giúp đỡ Đào Minh Dương, Chủ tịch Công ty Vijasun, tổ chức một chuyến bay đưa công dân về nước. Ông Minh sẽ hỗ trợ Công ty Vijasun xin cấp phép, đăng thông tin chuyến bay trên website và chuyển danh sách công dân đăng ký.
Theo thoả thuận, ông Minh sẽ lấy chi phí là 3 triệu đồng trên mỗi hành khách. Đầu năm 2022, Vijasun tổ chức thành công chuyến bay combo đưa 298 công dân từ Angola về nước. Trên thực tế, chuyến bay có 10 trẻ em nên ông Dương chỉ tính 288 người lớn nên đã chuyển khoản 864 triệu đồng cho ông Minh.
Bộ Công an cho hay đầu 2020 đến khoảng giữa năm 2021, nhà chức trách đã cấp phép và tổ chức hơn 1.000 chuyến bay, đưa hơn 200.000 công dân từ 62 quốc gia, vùng lãnh thổ về nước. Riêng Bộ Ngoại giao đã đề xuất Chính phủ phê duyệt 772 chuyến bay đưa công dân về nước, trong đó có 400 chuyến bay giải cứu, 372 chuyến bay combo.
Sau hơn một năm điều tra sai phạm liên quan các chuyến bay giải cứu, ngày 3/4, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã đề nghị truy tố tổng cộng 54 người về 5 tội: Đưa hối lộ, Môi giới hối lộ, Nhận hối lộ, Lừa đảo chiếm đoạt tài sản và Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Cơ quan điều tra cáo buộc 21 người của 4 bộ (Ngoại giao, Công an, Y tế, Giao thông Vận tải) và hai cựu phó chủ tịch UBND Hà Nội, UBND tỉnh Quảng Nam đã nhận hối lộ tổng cộng hơn 170 tỷ đồng.
Bộ Ngoại giao là cơ quan có nhiều người bị cáo buộc sai phạm nhất với 13 bị can. Trong số này, 8 người ở các đại sứ quán bị đề nghị truy tố về tội Nhận hối lộ, và Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.