Tháng 3/2020, khi tình hình Covid-19 phức tạp, Việt Nam tổ chức giải cứu 30 công dân đầu tiên từ Vũ Hán, Trung Quốc, về nước. Với phương châm "không để ai bị bỏ lại phía sau", Chính phủ cho phép thực hiện các chuyến bay giải cứu đưa công dân hồi hương, người dân chỉ phải trả tiền vé máy bay, không mất chi phí cách ly.
Nhưng cơ sở cách ly của quân đội ngày càng quá tải, Chính phủ chấp thuận phương án cùng lúc thực hiện chuyến bay giải cứu và chuyến bay combo (người dân tự nguyện trả phí toàn bộ gồm vé máy bay, tiền cách ly...).
Nhiệm vụ này được giao cho tổ công tác 5 Bộ: Ngoại giao, Y tế, Giao thông Vận tải, Công an, Quốc phòng. Với chuyến bay combo còn có thêm sự tham gia của Văn phòng Chính phủ, cơ quan đại diện ngoại giao Việt Nam ở nước ngoài, UBND các tỉnh, thành phố.
Doanh nghiệp có nhu cầu tổ chức chuyến bay combo phải xin chủ trương của UBND cấp tỉnh, thành phố - nơi thực hiện cách ly công dân về nước. Khi được cấp tỉnh đồng ý tiếp nhận cách ly, doanh nghiệp gửi hồ sơ về Cục Lãnh sự, Bộ Ngoại giao để đơn vị này tổng hợp, lấy ý kiến tổ công tác 5 bộ.
Có ý kiến của tổ công tác liên bộ, Bộ Ngoại giao trình lãnh đạo Chính phủ thông qua Văn phòng Chính phủ để phê duyệt chuyến bay. Doanh nghiệp nào qua các bước này sẽ được triển khai thực hiện.
Từ đầu 2020 đến khoảng giữa năm 2021, nhà chức trách đã cấp phép và tổ chức hơn 1.000 chuyến bay, đưa hơn 200.000 công dân từ 62 quốc gia, vùng lãnh thổ về nước. Riêng Bộ Ngoại giao đã đề xuất Chính phủ phê duyệt 772 chuyến bay đưa công dân về nước, trong đó có 400 chuyến bay giải cứu, 372 chuyến bay combo. Việc tổ chức các chuyến bay cứu hộ này là "chủ trương nhân đạo, sự quan tâm về bảo hộ công dân" của Đảng, Nhà nước, Bộ Công an cho hay.
Theo kết luận điều tra của Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an), khi triển khai các chuyến bay có sự chồng chéo, không rõ ràng về thẩm quyền giữa các bộ, ngành. Một số cán bộ có thẩm quyền đã lợi dụng việc này để nhũng nhiễu, tạo cơ chế xin - cho. Điều này buộc doanh nghiệp phải nâng giá vé máy bay và các chi phí phát sinh khác để có tiền "bôi trơn, đưa hối lộ".
Cơ quan điều tra phát hiện doanh nghiệp bị làm khó bởi một số cá nhân ở Văn phòng Chính phủ, Bộ Ngoại giao, Giao thông vận tải, Y tế, Cục Quản lý xuất nhập cảnh Bộ Công an và các địa phương như Hà Nội, Quảng Nam. Nhà chức trách cũng phát hiện dấu hiệu nhận hối lộ xảy ra tại quân đội nên tách hành vi, chuyển hồ sơ để Bộ Quốc phòng xử lý theo thẩm quyền.
UBND tỉnh, thành phố là nơi đầu tiên doanh nghiệp phải xin chủ trương về cách ly y tế, đây là yêu cầu bắt buộc trong hồ sơ cấp phép chuyến bay. Thiếu giấy chấp thuận cho cách ly của địa phương, doanh nghiệp sẽ không thể hoàn tất hồ sơ. Cơ quan An ninh điều tra đã phát hiện tiêu cực trong cấp giấy này tại Hà Nội và Quảng Nam.
Cụ thể, bị can Chử Xuân Dũng khi đương chức Phó Chủ tịch UBND Hà Nội, từ tháng 4 đến 12/2021, đã ký 66 văn bản đồng ý cho 16 công ty được đưa người từ nước ngoài về cách ly. Với trọng trách này, ông Dũng đã 9 lần nhận 2 tỷ đồng để ký chấp thuận cho cách ly với 4 công ty.
Phó Chủ tịch UBND Quảng Nam Trần Văn Tân đã thay mặt lãnh đạo tỉnh ký chấp thuận cho công dân trên chuyến bay giải cứu được cách ly trên địa bàn. Khi thực hiện nhiệm vụ, ông Tân bị cáo buộc nhận 5 tỷ đồng của hai lãnh đạo Công ty Bầu Trời Xanh (hiện là bị can trong vụ án).
Bộ Ngoại giao được xem là cơ quan quan trọng nhất với nhiệm vụ tham mưu, cấp phép chuyến bay. Kết quả sau hơn một năm điều tra cho thấy đây là đơn vị có nhiều cán bộ sai phạm nhất trong vụ án này, khi tới 13 người bị đề nghị truy tố về hành vi Nhận hối lộ và Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Theo cáo buộc của công an, một số cán bộ ở Bộ Ngoại giao đã tạo thành "nhóm lợi ích", nhũng nhiễu doanh nghiệp để buộc chi tiền. Cục trưởng Lãnh sự Nguyễn Thị Hương Lan "chỉ chọn các doanh nghiệp do cấp trên chỉ định xuống, người quen nhờ hoặc đã chi tiền". Bà Lan còn hướng dẫn các doanh nghiệp mượn nhiều pháp nhân khác nhau để được cấp nhiều chuyến bay. Doanh nghiệp nào chưa "bôi trơn" sẽ bị gây khó dễ bằng nhiều cách.
Cơ quan ngoại giao của Việt Nam ở nước ngoài được giao tập hợp danh sách công dân có nhu cầu về nước và doanh nghiệp muốn thực hiện chuyến bay. Cơ quan An ninh điều tra (Bộ Công an) chỉ ra tại Nhật Bản, Angola, Đại sứ và Tổng lãnh sự đã yêu cầu doanh nghiệp phải chia lợi nhuận hoặc chi tiền bồi dưỡng căn cứ số lượng công dân về trên các chuyến bay.
Trong 13 bị can là cựu cán bộ của Bộ Ngoại giao, 4 người bị cáo buộc lợi dụng chức vụ để hưởng lợi cá nhân, tổng cộng 1,76 tỷ đồng; 9 người nhận hối lộ tổng cộng 80 tỷ đồng. Ở nhóm nhận hối lộ, cựu thứ trưởng Tô Anh Dũng bị cáo buộc 21,5 tỷ đồng, bà Lan nhận 25 tỷ đồng, cựu thứ trưởng Vũ Hồng Nam 1,8 tỷ đồng, Tổng lãnh sự Việt Nam tại Osaka Nhật Bản Nguyễn Hồng Hà 2 tỷ đồng...
Theo kết luận điều tra, để được cấp phép thực hiện, hồ sơ của chuyến bay phải qua Văn phòng Chính phủ, nơi tập hợp tham mưu để phê duyệt. Từ tháng 4/2020, khi đề xuất duyệt 162 chuyến bay, bốn cán bộ của Văn phòng Chính phủ đã nhận 14,6 tỷ đồng tiền hối lộ của doanh nghiệp.
Trong đó, ông Nguyễn Quang Linh, cựu trợ lý của một phó thủ tướng, đã 5 lần nhận 4,2 tỷ đồng để giúp đỡ Công ty Lữ Hành Việt, ATA và Investco được duyệt 26 chuyến bay. Ông Linh đã nộp lại 4,4 tỷ đồng khắc phục hậu quả. Do ông khai đưa một phần tiền nhận hối lộ cho người khác nên cơ quan điều tra tách xử lý ở giai đoạn sau của vụ án này.
Ngoài các đơn vị trên, 3 cán bộ ở Cục Quản lý xuất nhập cảnh (Bộ Công an) cũng bị cáo buộc nhận 44,2 tỷ đồng. Trong đó, cựu Cục phó Trần Văn Dự nhận 7,6 tỷ đồng, cựu Phó Phòng tham mưu Vũ Anh Tuấn nhận 27,3 tỷ đồng, cán bộ Vũ Sỹ Cường 9,3 tỷ đồng.
Bộ Y tế được giao nhiệm vụ phê duyệt hoặc từ chối đề xuất của Bộ Ngoại giao về tần suất, số lượng chuyến bay, phù hợp với tình hình dịch bệnh. Theo cáo buộc, lúc thẩm định, Phạm Trung Kiên (thư ký của một thứ trưởng) đã yêu cầu doanh nghiệp chi ít nhất 50 triệu đồng một chuyến bay combo hoặc 500.000 đến 2 triệu đồng một hành khách. Ông Kiên đã 251 lần nhận tiền của 19 cá nhân, doanh nghiệp, tổng cộng 42,6 tỷ đồng.
Người còn lại tại Bộ Y tế bị đề nghị truy tố trong vụ án là ông Bùi Huy Hoàng, cựu chuyên viên Cục Y tế dự phòng. Ông Hoàng bị cáo buộc vì động cơ vụ lợi đã làm trung gian môi giới hối lộ 3,3 tỷ đồng và được hưởng lợi 670 triệu đồng. Như vậy, hai người ở Bộ Y tế bị cáo buộc đã nhận và môi giới hối lộ 45,2 tỷ đồng.
Tại Bộ Giao thông Vận tải, Cơ quan An ninh điều tra xác định, vì động cơ vụ lợi, bị can Ngô Quang Tuấn khi là chuyên viên Vụ Hợp tác quốc tế đã nhận hối lộ 1,7 tỷ đồng để ưu ái doanh nghiệp. Bị can Vũ Hồng Quang, cựu Phó phòng Vận tải thuộc Cục Hàng không Việt Nam, đã nhận hối lộ 1,9 tỷ đồng để đề xuất cấp phép bay vượt quá số lượng người được phê duyệt.
Trong đại án này, cơ quan điều tra cáo buộc 21 người của 4 bộ và hai địa phương đã nhận hối lộ tổng cộng hơn 170 tỷ đồng. Tất cả hiện bị đề nghị truy tố về các tội Nhận hối lộ và Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Hơn 100 doanh nghiệp được cấp phép thực hiện chuyến bay đưa công dân hồi hương. Nhưng thực tế chỉ 20 doanh nghiệp thực sự triển khai, số còn lại là cho mượn pháp nhân hoặc đứng ra xin cấp phép sau đó bán quyền được tổ chức các chuyến bay cho doanh nghiệp khác thực hiện.
Song song với việc xin cấp phép, doanh nghiệp phải ký hợp đồng đặt cọc tiền thuê máy bay với hãng hàng không, ký hợp đồng thuê khách sạn... Nếu không xin được "giấy phép", doanh nghiệp sẽ thiệt hại lớn về kinh tế nên dùng nhiều cách để làm bằng được.
Theo kết luận điều tra, để có chi phí "bôi trơn", doanh nghiệp phải nâng giá vé máy bay, "vẽ" thêm nhiều chi phí phát sinh với khách hàng có nhu cầu về nước giữa đại dịch. Kết luận điều tra không thể hiện thông tin về chi phí doanh nghiệp phải bỏ ra để thực hiện chuyến bay. Tuy nhiên, cơ quan công an chỉ rõ nhóm bị can là công an tại Cục Quản lý Xuất nhập cảnh, thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế, đã yêu cầu doanh nghiệp chi 50-230 triệu đồng cho phần thủ tục "qua tay" họ với mỗi chuyến bay.
Trong 54 người bị cáo buộc có sai phạm trong vụ án, 21 người là chủ doanh nghiệp, đại diện cho nhóm 20 doanh nghiệp thực hiện các chuyến bay với cách chung là lợi dụng quan hệ hoặc thông qua trung gian đưa hối lộ.
Minh chứng cho việc này là tại Công ty Bầu Trời Xanh, bị can Lê Hồng Sơn và Nguyễn Thị Thanh Hằng khai quá trình xin thực hiện 109 chuyến bay và chủ trương cách ly y tế đã chi 38,5 tỷ đồng để hối lộ quan chức có thẩm quyền. Công ty An Bình để thực hiện 66 chuyến bay cũng phải chi 34,6 tỷ đồng.
Bị can Võ Thị Hồng, giám đốc Công ty Minh Ngọc, khai đã chi 3,3 tỷ đồng cho chuyên viên Hoàng hối lộ giúp các cá nhân trong tổ công tác 5 bộ khi muốn xin cấp phép hai chuyến bay combo. Phi vụ này thất bại nhưng bà Hồng không dừng lại, thông qua Giám đốc Công ty Vitravo, đã nhờ đã hối lộ 7,4 tỷ đồng để được cấp phép 7 chuyến bay.
Bị can Nguyễn Thị Tường Vy, Giám đốc Công ty ATA, đã đưa chi 11,8 tỷ đồng hối lộ quan chức để được xin cấp phép 32 chuyến bay cho nhóm 3 công ty của mình. Trong đó, Vy đưa nhiều nhất cho Nguyễn Mai Anh, chuyên viên của Văn phòng Chính phủ, 3 tỷ đồng. Tương tự, Giám đốc Công ty G19 cũng chi 3,1 tỷ đồng để xin cấp phép 12 chuyến.
Sau hơn một năm điều tra vụ án, ngày 3/4, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã đề nghị truy tố tổng cộng 54 người về 5 tội: Đưa hối lộ, Môi giới hối lộ,Nhận hối lộ, Lừa đảo chiếm đoạt tài sản và Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Bộ Công an cho rằng đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, phức tạp, xảy ra trong bối cảnh Covid-19 bùng phát. 54 bị can đã lợi dụng tình hình dịch bệnh để trục lợi vì mục đích cá nhân.