Các cơ sở bị dừng hoạt động gồm: Công ty TNHH Tân Thái Thanh, Hộ sản xuất của gia đình bà Phạm Thị Loan, Công ty TNHH sản suất thương mại Đồng Tâm (lần lượt đặt trụ sở ở các xã Thiết Kế, Thiết Ống và thị trấn Cành Nàng, huyện Bá Thước) và Hợp tác Sông Mã (đặt tại xã Xuân Phú, huyện Quan Hóa).
Lý do đình chỉ là các cơ sở này đã xả thải gây ô nhiễm nguồn nước sông Mã khiến cá tự nhiên và cá lồng chết hàng loạt.
Phó chủ tịch Quyền yêu cầu các ngành Công an, Tài nguyên và Môi trường và các địa phương liên quan phối hợp điều tra, xử lý nghiêm hành vi vi phạm của các cơ sở sản xuất này. Các huyện Bá Thước, Quan Hóa làm rõ trách nhiệm của tập thể, cá nhân do không kịp thời kiểm tra, giám sát để ngăn chặn kịp thời tình trạng xả thải gây ô nhiễm môi trường.
Trước đó các ngày 31/3 đến 2/4, cá tự nhiên và cá nuôi lồng bè trên sông Mã ở huyện Bá Thước chết hàng loạt không rõ nguyên nhân. Tình trạng này ghi nhận ở nhiều xã như Thiết Ống, Thiết Kế, thị trấn Cành Nàng, Ban Công, Ái Thượng, Điền Lư... kéo dài gần 20 km dọc sông Mã.
Theo thống kê sơ bộ của UBND huyện Bá Thước, 4,5 tấn cá lồng và khoảng 2 tấn cá tự nhiên đã chết. 31 hộ bị thiệt hại với khoảng 42 lồng cá đã chết với tỷ lệ 50-100% và tiếp tục chết thêm.
Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Thanh Hóa sau đó lập đoàn kiểm tra đột xuất các cơ sở sản xuất đặt ven bờ sông huyện Bá Thước và Quan Hóa, bắt quả tang 4 cơ sở nói trên đang xả thải trực tiếp ra sông hoặc hệ thống xả thải chưa hoàn thiện, khiến chất thải tràn ra mặt nước.