Theo dự thảo, Quỹ do Chính phủ lập, giao UBND tỉnh Khánh Hòa trực tiếp quản lý, nhằm huy động nguồn lực phát triển nghề cá, gồm khai thác, nuôi trồng, chế biến thủy sản; khoa học công nghệ phục vụ các hoạt động thủy sản.
Quỹ sẽ đầu tư cho các hạng mục, công trình hạ tầng cảng cá, cơ sở chế biến, dịch vụ hậu cần nghề cá và các công trình thiết yếu khác phòng chống thiên tai, phục vụ dân sinh tại huyện Trường Sa chưa được ngân sách nhà nước đầu tư hoặc đầu tư chưa đủ.
Mô hình hoạt động của Quỹ là đơn vị sự nghiệp công lập hoặc Ban quản lý dự án, không vì mục tiêu lợi nhuận. Bộ máy gồm hội đồng quản lý, ban kiểm soát, cơ quan điều hành nghiệp vụ. Nguồn tài chính của Quỹ từ ngân sách hỗ trợ của các tỉnh, thành (không bao gồm ngân sách tỉnh Khánh Hòa); tài trợ cá nhân, tổ chức trong và ngoài nước; trích lập sau chênh lệch thu chi hàng năm của Quỹ và nguồn thu hợp pháp khác.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho biết, Bộ Chính trị khóa XIII đã ban hành Nghị quyết số 09 ngày 28/1/2022 về xây dựng, phát triển tỉnh Khánh Hoà đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045. Trong đó, Nghị quyết định hướng đưa Khánh Hòa trở thành thành phố trực thuộc Trung ương trên cơ sở phát huy cao độ tiềm năng và lợi thế về biển, là một cực tăng trưởng, trung tâm của khu vực duyên hải Nam Trung Bộ, Tây Nguyên và cả nước về kinh tế biển, công nghiệp công nghệ cao...
Khánh Hòa có vị trí chính trị, kinh tế quan trọng; là tỉnh ven biển Nam Trung Bộ với mạng lưới giao thông thuận lợi và lợi thế tự nhiên biển, đảo, sông, núi. Tuy nhiên, tiềm năng của địa phương chưa được phát huy hiệu quả, chưa tạo ra đột phá phát triển.
Vì vậy, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho rằng, việc lập Quỹ hỗ trợ phát triển nghề cá Khánh Hòa sẽ thúc đẩy địa phương phát triển, góp phần thực hiện chủ trương "gắn phát triển kinh tế - xã hội với củng cố quốc phòng an ninh, giữ vững chủ quyền biển đảo quốc gia" nêu trong Nghị quyết 09 của Bộ Chính trị.
Trước đó, tại kỳ họp thứ 3 hồi tháng 6, Quốc hội khóa XV đã thông qua Nghị quyết thí điểm một số cơ chế, chính sách đặc thù phát triển tỉnh Khánh Hòa, cho phép thành lập Quỹ hỗ trợ phát triển nghề cá Khánh Hòa.