Trường Phổ thông Năng khiếu tổ chức kỳ thi tuyển sinh chung cho cả hai cơ sở với 10 môn. 3 môn không chuyên gồm: Toán, Ngữ văn, Tiếng Anh; 7 môn chuyên gồm: Toán Tin học, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Ngữ văn và Tiếng Anh.
Để được xét tuyển, thí sinh phải thi 4 môn, trong đó 3 môn không chuyên bắt buộc và một môn chuyên tự chọn. Thí sinh được đăng ký dự thi nhiều hơn một môn chuyên và đăng ký xét tuyển vào các lớp chuyên tương ứng. Nếu trúng tuyển vào nhiều lớp sẽ tự chọn học một lớp theo nguyện vọng.