Nguyễn Đức Thiện ký hợp đồng với CLB Đồng Nai từ ngày 1/10/2013 nhưng chưa được phép thi đấu do bị CLB cũ Bình Định khiếu nại với VFF. Đơn của đội bóng đất võ gửi đến VFF ngay trước ngày đăng ký thi đấu V-League 2014 nên trường hợp của Đức Thiện bị tạm đình lại. Sau đó, VFF yêu cầu cả Đức Thiện và CLB Bình Định cung cấp hồ sơ để phân xử.
Đức Thiện nộp đầy đủ bộ hồ sơ với hai bản tường trình về việc CLB Bình Định không có bất cứ biên bản kỷ luật nào có chữ ký của đôi bên. Khi Đức Thiện trở lại tập trung đầu mùa 2013, đội bóng đất võ từ chối tiếp nhận cũng như trả lương cho anh trong một năm qua. Cầu thủ quê Đồng Nai gửi bản sao kê tài khoản ngân hàng từ tháng 8/2012 đến tháng 9/2013 về việc CLB Bình Định không trả bất cứ tháng lương nào.
Trong khi đó, CLB Bình Định không cung cấp được hồ sơ xác đáng nào ngoài bản hợp đồng hết hạn vào ngày 30/9/2013. Vì thế, VFF đã ra phán quyết Đức Thiện được phép ký hợp đồng với đội bóng mới sau thời hạn trên. Với phán quyết này, Đức Thiện được phép ra sân từ vòng 5 V-League 2014.
Đức Thiện lập tức chia sẻ niềm vui trên facebook và cho biết: “Tôi chân thành cảm ơn VFF đã đưa ra quyết định kịp thời để tôi có thể tiếp tục với niềm đam mê của mình”. Về khả năng ra sân của cầu thủ này, HLV Trần Bình Sự nói: “Tôi rất vui với thông tin này dù rằng Đức Thiện vẫn phải chờ thêm một thời gian nữa để hòa nhập hơn với lối chơi của đội bóng. Nếu đáp ứng được yêu cầu chuyên môn và thể lực thì Đức Thiện sẽ được ra sân”.
Đức Thiện từng là tài năng hứa hẹn và nhiều lần được triệu vào đội tuyển U23 quốc gia.