Sáng 6/1, một lãnh đạo Cục Hàng không Việt Nam đánh giá việc máy bay Vietnam Airlines bị đe dọa là tình huống hy hữu. Các máy bay Việt Nam hoạt động ở nước ngoài chưa từng bị dọa bắn, chỉ một số lần khách tung tin có bom.
Thông tin ban đầu, sáng 5/1, nhân viên chi nhánh Vietnam Airlines tại Nhật Bản tiếp nhận cuộc điện thoại từ một người xưng là người Mỹ, nói tiếng Nhật, đe dọa có thể bắn hoặc cho nổ máy bay của Vietnam Airlines khi qua vịnh Tokyo. Lúc này máy bay đã khởi hành trên đường về Việt Nam.
Ngay lập tức, chi nhánh hãng tại Nhật Bản đã báo cáo về Tổng công ty. Lãnh đạo Cục Hàng không Việt Nam trực tiếp trao đổi với lãnh đạo Vietnam Airlines về hướng xử lý sự cố và xin ý kiến cơ quan có thẩm quyền.
Máy bay Boeing 787 lúc này đã bay qua vịnh Tokyo, song nhà chức trách hàng không Việt Nam đánh giá không thể bỏ qua các giả thiết, như có chất nổ trên máy bay. Do đó, qua trao đổi với cơ quan chức năng Nhật Bản, các bên thống nhất cho máy bay hạ cánh tại sân bay Fukuoka để kiểm tra an ninh.
Cảng hàng không sau đó bố trí nhân viên an ninh, kỹ thuật xem xét đánh giá thông tin cũng như an toàn của chuyến bay. "Chúng tôi hơi bất ngờ khi tiếp nhận thông tin đe dọa máy bay, song tình huống này đã nằm trong kịch bản máy bay bị can thiệp bất hợp pháp, có người tung tin giả", lãnh đạo Cục nói.
Đại diện Cục Hàng không Việt Nam cũng cho biết, các tình huống đe dọa an ninh hàng không đều được lường trước, nằm trong phương án xử lý với các kịch bản khác nhau. Vietnam Airlines đã triển khai quy trình ứng phó khẩn nguy an ninh để xử lý theo đúng quy định, bảo đảm an toàn cho chuyến bay. Cục đã báo cáo Bộ Công an, Bộ Ngoại giao để phối hợp với nhà chức trách Nhật Bản làm rõ sự việc.
Theo thông cáo của Cục Hàng không Việt Nam tối 5/1, chuyến bay VN5311 từ Narita về Hà Nội khởi hành lúc 10h30 (giờ địa phương). Khoảng 11h10, chi nhánh hãng Vietnam Airlines tại Nhật Bản nhận được điện thoại đe dọa. Sau khi có chỉ đạo của các nhà chức trách hàng không, Vietnam Airlines đã chuyển hướng tàu bay, hạ cánh xuống sân bay Fukuoka lúc 13h02.
Tàu bay đỗ tại sân bay Fukuoka trong 2 giờ, sau đó khởi hành lúc 15h48 tiếp tục hành trình về Hà Nội. Lúc 18h12 (giờ Việt Nam), máy bay đã hạ cánh an toàn xuống sân bay Nội Bài.
VN5311 là chuyến bay thương mại đầu tiên từ Nhật Bản về Việt Nam của Vietnam Airlines, kể từ khi hai nước khôi phục đường bay thường lệ.