Sau một năm điều tra, trong kết luận ra tháng 6, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Vĩnh Phúc, đề nghị truy tố bà Nguyễn Thị Kim Anh (45 tuổi, cựu phó trưởng Phòng phòng chống tham nhũng, Thanh tra Bộ Xây dựng), Nguyễn Thị Kim Liên (43 tuổi, cựu cán bộ Phòng Thanh tra xây dựng 3), Đặng Hải Anh (39 tuổi, cựu chuyên viên Phòng Thanh tra xây dựng 2) và Nguyễn Thị Thùy Linh (26 tuổi, cựu thành viên Đoàn Thanh tra) về tội Lạm dụng chức vụ quyền hạn, chiếm đoạt tài sản, theo điều 355 Bộ luật Hình sự 2015.
Xác định bà Kim Anh là chủ mưu, chỉ đạo các đồng phạm thực hiện hành vi phạm tội, cơ quan điều tra đề nghị truy tố khung hình phạt từ 20 năm đến tù chung thân. 3 đồng phạm còn lại từ 12 đến 20 năm tù.
Nhà chức trách cáo buộc là trưởng đoàn thanh tra, khi đến làm việc tại tỉnh Vĩnh Phúc, bà Kim Anh đã bất chấp pháp luật, không thực hiện đúng nhiệm vụ được giao. Biết 20 UBND xã, thị trấn không thuộc diện phải thanh tra, nhưng với mục đích trục lợi, tháng 3/2019, bà Kim Anh vẫn yêu cầu báo cáo toàn bộ các dự án công trình xây dựng làm chủ đầu tư.
Để che giấu việc "thanh tra vượt thẩm quyền" này, bà không gửi quyết định thông qua UBND tỉnh Vĩnh Phúc và Sở Xây dựng. Bà yêu cầu 29 xã, thị trấn cung cấp hồ sơ dự án, công trình để kiểm tra tràn lan, trong đó có cả công trình đã được kiểm tra.
Bà chỉnh sửa kết quả kiểm tra của các thành viên, in gửi dự thảo biên bản kết quả kiểm tra gửi cho chủ đầu tư, doanh nghiệp. Khi làm việc trực tiếp với chủ đầu tư, nhà thầu, bà không chấp nhận cho giải trình mà "ép buộc phải đưa tiền để bỏ qua hoặc giảm nhẹ lỗi vi phạm".
Với cách làm trên, từ tháng 5/2019 đến 12/6/2019, bà Kim Anh cùng các đồng phạm đã chiếm đoạt và thu lợi bất chính 2,05 tỷ đồng từ 54 doanh nghiệp, đơn vị. Riêng bà Kim Anh trực tiếp chiếm đoạt 1,315 tỷ đồng của 45 doanh nghiệp hoặc thông qua kế toán xã, kết luận thanh tra nêu.
Với 3 đồng phạm còn lại, nhà chức trách xác định Đặng Hải Anh tích cực tham gia, thực hiện hành vi phạm tội theo sự chỉ đạo của bà Kim Anh. Sau khi thanh tra, các doanh nghiệp giải trình ông này đã không chấp nhận và đe doạ, ép phải đưa tiền. Hải Anh cùng bà Kim Anh chiếm đoạt 461 triệu đồng của 9 doanh nghiệp và được chia 123 triệu đồng.
Cùng thủ đoạn như Hải Anh, Nguyễn Thuỳ Linh đã chiếm đoạt gần 600 triệu đồng, được chia khoảng 120 triệu đồng. Nguyễn Thị Kim Liên (em bà Kim Anh) đã giúp sức tích cực với vai trò đồng phạm khi biết rõ chị gái chiếm đoạt tiền của các doanh nghiệp. Bị can Liên phải chịu trách nhiệm về 552 triệu đồng đã chiếm đoạt.
Vụ án được khởi tố ngày 18/6/2019, một tuần sau khi Hải Anh bị bắt quả tang nhận tiền của doanh nghiệp. Thời điểm đó, khám nơi làm việc của Đoàn thanh tra tại tỉnh Vĩnh Phúc, nhà chức trách thu hơn 335 triệu đồng trong tủ do bà Kim Anh quản lý...
Trong thông báo ra tháng 5, Ủy ban Kiểm tra Trung ương xác định, 4 người trên đã "vi phạm rất nghiêm trọng quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước trong quá trình thanh tra tại huyện Vĩnh Tường".