Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ Mai Tiến Dũng dẫn đầu Tổ công tác của Thủ tướng làm việc với Bộ Y tế về công tác kiểm tra chuyên ngành với hàng hóa xuất nhập khẩu. Bộ trưởng Dũng đánh giá Bộ Y tế ban hành công văn 1216 là "không đúng ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng". Công văn này do Vụ trưởng Pháp chế Bộ Y tế ký, thừa lệnh Bộ trưởng Y tế.
Theo Bộ trưởng Dũng, trước đây, sau nhiều cuộc họp, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam đã kết luận không quy định yêu cầu doanh nghiệp phải sử dụng muối iốt trong chế biến thực phẩm mà chỉ yêu cầu doanh nghiệp sản xuất muối phải bổ sung iốt. Tuy nhiên, Vụ trưởng Pháp chế đã ký công văn 1216 ngày 14/3 hoàn toàn trái ý kiến kết luận trên. Mục 2 của công văn này nêu rõ: "Các doanh nghiệp sản xuất thực phẩm để tiêu dùng trong nước có sử dụng muối đều phải sử dụng muối tăng cường iốt trong chế biến thực phẩm theo quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều 6 Nghị định 09/2016/NĐ-CP".
Bộ trưởng Dũng yêu cầu: "Bộ trưởng Y tế lập tức phải ra thông báo hủy bỏ công văn 1216 do Vụ trưởng Vụ Pháp chế ký. Việc ký văn bản đó là lạm quyền, tạo ra giấy phép con".
Tổ công tác của Chính phủ cũng đánh giá việc kiểm tra chuyên ngành của Bộ Y tế chưa tốt. Đó là tình trạng kiểm tra chồng chéo, một mặt hàng chịu sự điều chỉnh nhiều văn bản và nhiều cơ quan. Tỷ lệ kiểm tra trên hồ sơ rất nhiều song chỉ 0,06% phát hiện có vi phạm. Trong khi đó quá trình thực hiện kiểm tra lại rất thủ công, bằng cảm quan, không có quy chuẩn, tiêu chuẩn.
"Chúng ta đặt vấn đề liên quan đến an toàn sức khỏe nhưng thực chất nói một đằng làm một nẻo, kiểm tra không có sản phẩm, không test mẫu hàng hóa, chỉ làm hồ sơ thôi...", Bộ trưởng Dũng nhấn mạnh.
Theo Tổ công tác của Chính phủ, Bộ Y tế chỉ mới thực hiện được 5 trong số 9 nhiệm vụ của năm 2016, trong đó doanh nghiệp quan tâm nhất tới việc sửa đổi Nghị định 38 về an toàn thực phẩm. Việc sửa nghị định này Bộ Y tế vẫn đang lấy ý kiến doanh nghiệp. Danh mục hàng hóa thì chồng chéo giữa các bộ ngành quản lý nên Bộ trưởng Dũng yêu cầu Bộ Y tế xem xét và đề xuất với Chính phủ thống nhất giao một cơ quan chủ trì, các cơ quan khác phối hợp. Đồng thời Bộ Y tế cần gắn mã hồ sơ vào danh mục hành hóa đã ban hành để minh bạch trong kiểm tra.
Việc thực hiện cơ chế một cửa quốc gia ở Bộ Y tế cũng được đánh giá là chưa hiệu quả. Trong giai đoạn 2016-2017 Bộ đăng ký thực hiện 27 thủ tục nhưng mới thực hiện được 5, chiếm 9%, tỷ lệ rất thấp.
Bộ trưởng Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến cho biết, những vấn đề tổ công tác đặt ra Bộ đang trăn trở, quyết tâm điều chỉnh trên cơ sở công khai, minh bạch, tạo điều kiện tối đa cho doanh nghiệp. "Những thủ tục cần bỏ thì phải bỏ, tránh lợi ích nhóm, phiền toái cho doanh nghiệp", Bộ trưởng Tiến nhấn mạnh.