Cụ thể, cơ quan thanh tra xác định Bệnh viện Chợ Rẫy thực hiện các thủ tục về môi trường đúng quy định, tuy nhiên trong ba năm 2020-2022 kết quả phân tích mẫu nước thải có một số thông số vượt quy chuẩn kỹ thuật cho phép. Năm 2021, bệnh viện thực hiện quan trắc chất lượng nước thải không đúng tần suất giám sát. Các hành vi này hiện đã hết thời hiệu xử phạt.
Ngoài ra, đơn vị lấy mẫu và phân tích nước thải cho Chợ Rẫy là Trung tâm nghiên cứu và tư vấn môi trường (REC) thừa nhận trong quá trình thực hiện lấy mẫu và phân tích, trung tâm này "chưa đảm bảo đầy đủ thông tin về mẫu nước thải". Do đó, thanh tra Bộ không đủ căn cứ để xử phạt hành chính Bệnh viện Chợ Rẫy đối với hành vi xả thải vượt quy chuẩn, đồng thời đề nghị Cục Kiểm soát ô nhiễm môi trường kiểm tra việc chấp hành pháp luật trong hoạt động dịch vụ quan trắc của REC.
Trong khi đó, Bệnh viện Nhi Đồng 1 xả nước thải ra môi trường với thông số BOD5 (nhu cầu oxy sinh hóa), COD (nhu cầu oxy hóa học) vượt quy chuẩn 2,2 lần trong đợt lấy mẫu tháng 12/2023. Đây là hai chỉ số đánh giá khả năng phân hủy sinh học của nước thải. Thanh tra Bộ phạt Bệnh viện Nhi Đồng 1 hơn 332 triệu đồng, yêu cầu khắc phục hệ thống xử lý nước thải đạt quy chuẩn. Thanh tra Bộ đề nghị UBND TP HCM giám sát chặt chẽ hoạt động của bệnh viện.
Còn Bệnh viện đa khoa Bình Dương không tách biệt hệ thống thu gom nước mưa và nước thải. Cụ thể, nước từ bể thu nước mưa chảy liên thông qua bể chứa nước thải sau khử trùng, tất cả theo đường cống ngầm chảy ra tuyến nước thải chung của TP Thủ Dầu Một. Thanh tra Bộ cho rằng bệnh viện này đã thực hiện không đúng một trong các nội dung phê duyệt kết quả thẩm định báo cáo tác động môi trường.
Bệnh viện cũng thực hiện không đầy đủ việc quan trắc nước thải định kỳ; không báo cáo hoạt động khai thác, sử dụng tài nguyên nước năm 2020; không giám sát chất lượng nước ngầm... bị phạt 370 triệu đồng.
Đây là lần đầu tiên thanh tra Bộ công bố về chất lượng xả thải ra môi trường tại một số bệnh viện.