Bên cạnh nhiều tính năng cải tiến và bản sửa lỗi liên quan đến bảo mật, phiên bản Mac OS X 10.6.3 còn cung cấp vài thay đổi cho tính năng đồng bộ MobileMe. Theo Apple, phiên bản 10.6.3 có khả năng tự động thu thập các thông tin chẩn đoán hệ thống cũng như các thông tin hữu ích từ máy Mac và sau đó gửi về cho Apple để phân tích. Apple cho rằng đây là một thay đổi lớn trong phiên bản 10.6.3 và kết quả của công tác cải thiện các dịch vụ và sản phẩm của hãng.
Vài hệ thống Mac sẽ nhận được bản cập nhật liên quan đến tính năng QuickTime X, hiện đã được cải thiện rất nhiều về tính tương thích và độ an toàn; tính năng AirPort giúp khắc phục vài vấn đề liên quan đến tính an toàn đối với các máy iMac trên mạng không dây 2,4GHz; tính năng File Services khắc phục các vấn đề liên quan đến sao chép, đổi tên và xoá các tập tin trên máy chủ của doanh nghiệp vừa và nhỏ (SMB) cũng như hiện tượng các tập tin Microsoft Office 2008 không thể lưu trên máy chủ SMB. Ngoài ra, tính năng iCal cũng được nâng cấp, trong đó có khắc phục 2 lỗi liên quan đến việc hiển thị email trong Microsoft Exchange.
Bên cạnh việc cải thiện tính năng đồng bộ iDisk, những nâng cấp khác dành cho tính năng/dịch vụ MobileMe cũng xử lý một vấn đề liên quan đến việc các tập tin phim được lưu trong thư viện của dịch vụ không thể được nhìn thấy trong trình trình duyệt Safari và cải thiện tính an toàn khi đồng bộ lịch làm việc. Quan trọng hơn hết, Mac OS X 10.6.3 cung cấp bản vá bảo mật cho các dịch vụ/ứng dụng như AFP Server, the Application Firewall, QuickTime, CoreAudio, Disk Image, Directory Services, v.v...