Võ Trường Toản mất vào mùng 9/5 năm Nhâm Tý (nhằm 27/7/1792) tại làng Hòa Hưng, được an táng tại đây. Hay tin này, chúa Nguyễn Ánh cảm mến, tiếc thương, ban từ hiệu là "Gia Định xử sĩ Sùng Đức Võ tiên sinh", nghĩa là bậc xử sĩ Võ Tiên Sinh, người Gia Định cùng đôi liễn truy điệu:
"Triều hữu huân danh, bán thuộc Hà Phần cựu học
Đẩu Nam phong giáo, tề khâm Nhạc Lộc dư uy"
Tạm hiểu là:
"Công danh tỏ rạng triều đình, một nửa thuộc về tài học,
Giáo dục văn hóa phương Nam, ai cũng phục cái uy lớn".
Dù không phải là học trò của Võ Trường Toản, Phan Thanh Giản hết lòng kính trọng ông. Khi ba tỉnh miền Đông Nam Kỳ rơi vào tay Pháp (1862), Phan Thanh Giản không muốn hài cốt của bậc danh nhân nằm trong vùng đất bị giặc chiếm đóng nên bàn với Nguyễn Thông (đốc học Vĩnh Long), Phạm Hữu Chánh (Hiệp trấn thành An Giang) cùng nhiều sĩ phu khác bàn việc cải táng hài cốt.
Khu mộ cụ Võ Trường Toản ở huyện Ba Tri, Bến Tre ngày nay. Ảnh: Sở Văn hoá, Thể thao và Du lịch Bến Tre. |
Năm Tự Đức thứ 18 (1867), hài cốt của Võ Trường Toản được rước về làng Bảo Thạnh, tỉnh Vĩnh Long (nay thuộc huyện Ba Tri, Bến Tre). Di hài vợ cùng con gái cũng được cải táng cạnh mộ ông, được công nhận là di tích cấp quốc gia năm 1998.
Tên của ông được đặt cho một đại học ở tỉnh Hậu Giang, nhiều trường phổ thông khắp Nam Bộ. Riêng ở TP HCM, Võ Trường Toản là giải thưởng thường niên vinh danh những nhà giáo tiêu biểu của thành phố hơn 20 năm qua.