Trong 29 người, 25 trường hợp bị Công an Hà Nội đề nghị truy tố về tội Giết người với khung hình phạt từ từ 12 đến 20 năm, tù chung thân hoặc tử hình. 4 trường hợp bị truy tố về tội Chống người thi hành công vụ, khung hình phạt từ hai năm đến 7 năm tù.
Theo kết luận điều tra ngày 5/6 của Công an Hà Nội, tháng 11/2019, Quân chủng Phòng không không quân (Bộ Quốc phòng) xây dựng tường rào bảo vệ sân bay Miếu Môn, xã Đồng Tâm, huyện Mỹ Đức. Khu vực này được Thanh tra Hà Nội xác định là đất quốc phòng song nhiều năm qua liên tục xảy ra khiếu kiện, tranh chấp. Ông Lê Đình Kình (cựu bí thư Đảng ủy xã Đồng Tâm năm 1981-1982) bị xác định chủ mưu, thường xuyên "xuyên tạc về nguồn gốc khu đất", kích động, lôi kéo người dân tham gia khiếu kiện.
Phản đối việc này, một số người trong "tổ đồng thuận" do ông Kình đứng đầu đã chặn xe chở vật liệu, "tự lột quần áo giữa đường để gây rối". Họ dựng lều bạt, cử người cảnh giới trước cửa khu huấn luyện Miếu Môn, dọa gây nổ cây xăng Miếu Môn, dọa nổ nhà chủ tịch xã, dọa bắt cóc người già, trẻ em...
Công an Hà Nội cáo buộc một số bị can đã góp tiền mua 10 quả lựu đạn với giá 30 triệu đồng nhằm ngăn cản, "tấn công, tiêu diệt" lực lượng công an làm nhiệm vụ bảo vệ quá trình thi công. Đầu tháng 12/2019, họ chuẩn bị 70 lít xăng, 10 tuýp sắt gắn dao phóng lợn, 10 bao tải đựng gạch, đá cùng pháo, vôi bột và ớt bột. Tất cả đưa về tập kết tại nhà ông Kình.
Rạng sáng ngày 9/1, khi lực lượng công an gồm nhiều đơn vị tiến vào khu vực thôn Hoành..., một số bị can đã đánh kẻng, đứng trên mái nhà bắn pháo hiệu và pháo về phía cổng làng, kích động người dân chống đối. Một số người từ trên cao ném "bom xăng", gạch, đá vào lực lượng làm nhiệm vụ đang đứng trước cửa nhà ông Kình, Lê Đình Hợi, Lê Đình Chức và Lê Đình Công.
Nhà chức trách kêu gọi dừng tấn công nhưng không nhận được hợp tác. Trước tình hình trên, nhiều tổ công tác của công an được điều động đến thôn Hoành. Để đảm bảo tính mạng, tài sản của người dân, lực lượng thi hành công vụ tổ chức trấn áp, bắt giữ.
Ba cảnh sát Nguyễn Huy Thịnh (48 tuổi, phó trung đoàn trưởng E22, Bộ Tư lệnh cảnh sát cơ động), Phạm Công Huy (28 tuổi, Phòng Cảnh sát phòng cháy, chữa cháy và cứu hộ cứu nạn) và Dương Đức Hoàng Quân (27 tuổi, Bộ Tư lệnh cảnh sát cơ động) tiến vào nhà bị can Hợi, Chức song bị tấn công bằng dao phóng lợn, "bom xăng".
Ba chiến sĩ trong lúc di chuyển qua các cửa sổ đã bị chọc dao, gây bỏng khiến rơi xuống hố sâu 4 mét nằm giữa hai căn nhà. Anh Thịnh, Huy, Quân đã hy sinh.
Khi các tổ công tác khác áp sát căn nhà, các bị can đã cố thủ, dọa ai xông vào sẽ "ném lựu đạn cho chết hết". Lực lượng làm nhiệm vụ sau đó đã nổ súng, trấn áp, phá cửa. Ông Kình trúng đạn ở lưng, gục ở phòng ngủ, tay cầm một quả lựu đạn.
Trong nửa tiếng, công an tạm giữ hơn 30 người, thu 8 lựu đạn tại hiện trường, 38 chai bom xăng, 12 tuýp sắt đầu gắn dao nhọn, 3 hộp pháo sáng, một khẩu súng bắn điện, một thanh kiếm, một búa.
Công an Hà Nội cho rằng chủ mưu vụ án là ông Kình (84 tuổi) song ông đã chết trong ngày 9/1. 29 bị can bị cáo buộc đã chủ động tấn công nhằm gây "sát thương, tiêu diệt" lực lượng thi hành công vụ. Hành vi liên tục đổ xăng, châm lửa của một số người là nguyên nhân trực tiếp khiến ba cảnh sát Thịnh, Huy, Quân bị thiêu chết.
Công an Hà Nội đề nghị truy tố bị can Lê Đình Công (56 tuổi), Bùi Viết Hiểu (77 tuổi), Nguyễn Văn Tuyển (Tuyển "Cụt", 46 tuổi), Lê Đình Chức (40 tuổi), Lê Đình Doanh (32 tuổi, con của Lê Đình Công), Nguyễn Quốc Tiến (Tiến "Mạ", 40 tuổi), Nguyễn Văn Quân (Quân "Mạ", 40 tuổi), Lê Đình Uy (27 tuổi), Lê Đình Quang (36 tuổi), Bùi Thị Nối (62 tuổi), Bùi Thị Đục (63 tuổi), Nguyễn Thị Bét (59 tuổi), Nguyễn Thị Lụa (64 tuổi), Trần Thị La (42 tuổi), Bùi Văn Tiến (51 tuổi), Nguyễn Văn Duệ (58 tuổi), Lê Đình Quân (Quân "Toàn", 44 tuổi), Bùi Văn Niên (Niên "Cụt", 40 tuổi), Bùi Văn Tuấn (29 tuổi), Trịnh Văn Hải (32 tuổi), Nguyễn Xuân Điều (68 tuổi), Mai Thị Phần (57 tuổi), Đào Thị Kim (37 tuổi), Lê Thị Loan (54 tuổi), Nguyễn Văn Trung (32 tuổi) về tội Giết người, theo khoản 1 điều 123 Bộ luật Hình sự 2015.
Bị can Lê Đình Hiển (31 tuổi), Bùi Viết Tiến (20 tuổi), Nguyễn Thị Dung (67 tuổi), Trần Thị Phượng (36 tuổi) về tội Chống người thi hành công vụ, theo khoản 2 điều 330 Bộ luật Hình sự 2015.
Tất cả 29 người đang bị tạm giam, trong số này có 10 phụ nữ.