Ngày 25/5, trung tướng Tô Ân Xô, Chánh văn phòng, người phát ngôn Bộ Công an, cho biết ông Huỳnh bị Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an khởi tố, bắt tạm giam về tội Lợi dụng chức vụ quyền hành trong khi thi hành công vụ, theo Điều 356 Bộ luật Hình sự năm 2015.
Nhà chức trách cho rằng trong quá trình Bộ Y tế tiếp nhận, thẩm định hồ sơ xin cấp Số đăng ký lưu hành kit xét nghiệm cho Công ty Việt Á, Tổng giám đốc Việt Á Phan Quốc Việt đã tiếp cận ông Huỳnh.
Ông Huỳnh bị cáo buộc có hành vi lợi dụng vị trí công tác để "giới thiệu, can thiệp và tác động" đến ông Nguyễn Minh Tuấn, Vụ trưởng Trang Thiết bị & Công trình y tế (đã bị khởi tố). Từ đây, Số đăng ký lưu hành cho Công ty Việt Á được cấp trái quy định.
Việc bắt, khởi tố diễn ra trong bối cảnh Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu (C03, Bộ Công an) mở rộng điều tra sai phạm liên quan nâng khống giá kít xét nghiệm xảy ra ở Công ty Việt Á và nhiều bộ ngành, địa phương. Cùng lúc, các tỉnh, thành trên cả nước cũng đồng loạt thanh tra, điều tra việc mua sắm tại Sở Y tế, các bệnh viện và CDC liên quan Việt Á.
Trong các vụ án liên quan Việt Á, C03 và công an các địa phương đã khởi tố hơn 40 người, trong đó có 16 lãnh đạo, cán bộ nhiều CDC và Sở Y tế. Cơ quan điều tra Bộ Quốc Phòng cũng khởi tố một vụ án khác, bắt hai sỹ quan.
Kết quả điều tra ban đầu xác định, Tổng giám đốc Việt Á Phan Quốc Việt đã nâng khống giá kit xét nghiệm Covid-19 lên khoảng 45% và chi "hoa hồng" lót tay cho các đơn vị, cá nhân gần 800 tỷ đồng. Việt Á sau đó thu lợi trên 500 tỷ đồng.