Ngày 8/3, thượng tá Sơn (Phó Giám đốc Viện Nghiên cứu Y Dược học Quân sự, Chủ nhiệm đề tài nghiên cứu kit test Covid-19) bị Cơ quan Điều tra hình sự Bộ Quốc phòng khởi tố, bắt tạm giam để điều tra dấu hiệu phạm tội Tham ô tài sản và tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Đại tá Hiệu (Trưởng phòng Trang bị, Vật tư) bị khởi tố, tạm giam về tội Vi phạm quy định về đấu thầu, gây hậu quả nghiêm trọng. Các quyết định tố tụng của cơ quan điều tra đều được Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương phê chuẩn.
Bốn ngày trước, Ủy ban Kiểm tra Trung ương kết luận Ban thường vụ Đảng ủy Học viện Quân y đã vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ và quy chế làm việc của cấp ủy; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, giám sát để một số cán bộ, lãnh đạo Học viện vi phạm các quy định khi đề xuất, thực hiện nhiệm vụ khoa học, công nghệ cấp quốc gia, nghiên cứu chế tạo bộ sinh phẩm xét nghiệm Covid-19 và việc mua sắm vật tư, kít xét nghiệm từ Công ty cổ phần Công nghệ Việt Á.
Trung tướng Nguyễn Viết Lượng, Bí thư Đảng ủy, Chính ủy; trung tướng Đỗ Quyết, Phó bí thư Đảng ủy, Giám đốc Học viện; thiếu tướng Hoàng Văn Lương, Uỷ viên Ban thường vụ Đảng ủy, Phó giám đốc Học viện kiêm Giám đốc Viện Nghiên cứu Y Dược học Quân sự; thượng tá Sơn, đại tá Hiệu và lãnh đạo, cán bộ một số đơn vị thuộc Học viện cùng chịu trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm của Ban thường vụ Đảng ủy Học viện Quân y.
Cuối tháng 12/2021, vài ngày sau khi Phan Quốc Việt (Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng giám Việt Á) bị bắt, trả lời VnExpress, thượng tá Sơn cho hay, Công ty cổ phần Công nghệ Việt Á tham gia cùng nhóm nghiên cứu kit test Covid-19 từ những ngày đầu bởi tính cấp bách. Việc chuyển giao gần như đồng thời giữa nhóm nghiên cứu và đơn vị sản xuất là Việt Á để cùng thẩm định kết quả, kịp cho việc sản xuất kit phục vụ phòng chống dịch.
Thời điểm đó, ông Sơn từng khẳng định: "Bộ sinh phẩm xét nghiệm nCoV của Việt Nam có độ chính xác cao, là kết quả, kinh nghiệm tích lũy nhiều năm của các nhà khoa học. Sai phạm của Việt Á không liên quan nghiên cứu kit xét nghiệm".
Liên quan vụ án, hiện cơ quan điều tra đã khởi tố 21 bị can và thu giữ, phong tỏa kê biên, thu hồi tài sản trị giá 1.600 tỷ.
Ngày 17/12/2021, những người đầu tiên của vụ án bị bắt về tội Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng là Tổng giám đốc Việt cùng ông Phạm Duy Tuyến (Giám đốc CDC Hải Dương).
Theo cơ quan điều tra, Việt khai nâng khống giá kit xét nghiệm Covid-19 lên khoảng 45% và chi "hoa hồng" lót tay cho các đơn vị, cá nhân gần 800 tỷ đồng. Việt Á sau đó thu lợi trên 500 tỷ đồng.
Mở rộng vụ án, nhà chức trách khởi tố ông Nguyễn Nam Liên (Vụ trưởng Kế hoạch Tài chính Bộ Y tế), Nguyễn Minh Tuấn (cựu Vụ trưởng Trang thiết bị và Công trình y tế, Bộ Y tế), Trịnh Thanh Hùng (Vụ phó Khoa học và Công nghệ các ngành kinh tế kỹ thuật, Bộ Khoa học và Công nghệ) về tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Ông Nguyễn Văn Định (Giám đốc CDC Nghệ An), Nguyễn Thành Danh (Giám đốc CDC Bình Dương) cùng một số người bị khởi tố với cáo buộc Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
C03 xác định bị can Việt, ngoài hành vi câu kết với cán bộ, lãnh đạo các CDC để thông thầu, còn hối lộ ông Tuyến 27 tỷ đồng. Vì thế, Việt và ông Tuyến bị khởi tố thêm tội Đưa hối lộ, Nhận hối lộ.
Bộ Công an cho rằng vụ án "gây bức xúc trong dư luận, ảnh hưởng đến niềm tin của nhân dân đối với công tác phòng, chống dịch và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực". Ngày 29/12/2021, vụ án được Ban chỉ đạo Trung ương về phòng, chống tham nhũng, tiêu cực đưa vào diện theo dõi, chỉ đạo.