Theo đề xuất của Liên danh Tư vấn TEDI-TRICC-TEDIS, tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc Nam có điểm đầu tại ga Ngọc Hồi, thuộc xã Liên Ninh và Ngọc Hồi, huyện Thanh Trì, TP Hà Nội.
Từ ga Ngọc Hồi, tuyến đường đi theo hành lang quy hoạch qua huyện Thường Tín, đến cuối huyện Phú Xuyên rồi vòng tránh khu công nghiệp Đồng Văn ở huyện Duy Tiên, tỉnh Hà Nam. Tiếp đó tuyến đường vượt quốc lộ 1, đường sắt Bắc Nam hiện tại, đi về phía đông đường bộ cao tốc Pháp Vân đến TP Phủ Lý.
Tổ hợp ga Ngọc Hồi gồm ga hành khách, ga hàng hóa và depot để chứa tàu, tác nghiệp bảo trì, bảo dưỡng đầu máy, toa xe. Khu depot dự kiến bố trí tại phía tây của tổ hợp. TP Hà Nội đã dự kiến dành khoảng 250 ha để xây dựng đầy đủ chức năng của một ga đầu mối quốc gia và đô thị.
Ga Ngọc Hồi đã quy hoạch đầy đủ hệ thống giao thông đồng bộ với 3 tuyến đường sắt đô thị, 4 tuyến đường sắt quốc gia, sẽ giúp hành khách đường sắt tốc độ cao lưu thông thuận tiện.
Dự kiến năm 2050, nhu cầu khách về ga Ngọc Hồi khoảng 170.000 người mỗi ngày đêm, trong đó khoảng 46.000 có nhu cầu đi vào trung tâm (chiếm 27%), còn lại 124.000 khách đi đến các quận huyện và tỉnh thành khác (chiếm 73%).
Bộ Giao thông Vận tải đã nghiên cứu đầu tư tuyến đường sắt đô thị số 1 (Yên Viên - Ngọc Hồi), trong đó khai thác chung hạ tầng đường sắt quốc gia và đường sắt đô thị. Theo tính toán, việc khai thác hỗn hợp khách đường sắt tốc độ cao với đường sắt đô thị số 1 trên tuyến này đáp ứng nhu cầu vận tải đến năm 2050 với điều kiện tuyến đường sắt đô thị số 1 được đưa vào khai thác năm 2035.
Tại TP HCM, đoạn đường sắt tốc độ cao chạy qua thành phố dài 13 km. Sau khi vượt sông Đồng Nai về phía hạ lưu cầu Long Thành của đường bộ cao tốc TP HCM - Long Thành - Dầu Giây, đường sắt tốc độ cao đi vào TP HCM, dự kiến chạy qua các nút giao vành đai 3, đường Nguyễn Duy Trinh, vành đai 2, đường Đỗ Xuân Hợp, nút giao An Phú về ga Thủ Thiêm.
Ga đầu mối Thủ Thiêm đặt tại phường An Phú, TP Thủ Đức, rộng 17,2 ha. Depot Long Trường để bảo dưỡng, sửa chữa tàu, được quy hoạch nằm gần nút giao cao tốc Long Thành - Dầu Giây và vành đai 3. TP HCM đã dự kiến dành 77,7 ha để xây dựng ga Thủ Thiêm và depot.
Theo tính toán đến năm 2050, tổng nhu cầu hành khách đến ga Thủ Thiêm khoảng 137.000 người mỗi ngày đêm, trong đó 41.000 khách có nhu cầu đi vào trung tâm (chiếm 30%), còn lại 96.000 khách đến các quận huyện và tỉnh thành khác (chiếm khoảng 70%).
Về phương án tổ chức chạy tàu vào trung tâm, TP HCM đã quy hoạch tuyến đường sắt đô thị số 6 kết nối ga đầu mối Thủ Thiêm với các ga đầu mối Hòa Hưng, Tân Kiên và khu vực khác của thành phố để gom, giải tỏa hành khách.
Ngoài ra, thành phố đã quy hoạch tuyến nhánh kết nối cảng hàng không Long Thành với ga đầu mối An Bình, Hòa Hưng và Tân Kiên để tổ chức vận tải hành khách vào trung tâm thành phố khi có nhu cầu đủ lớn.
Lý giải đề xuất ga đầu mối không đặt trung tâm TP Hà Nội và TP HCM, liên danh Tư vấn TEDI-TRICC-TEDIS cho biết tại nhiều nước, ga đường sắt tốc cao được quy hoạch theo hai mô hình: Ga ở trung tâm như Berlin (Đức), Tokyo (Nhật Bản), Seoul (Hàn Quốc). Mô hình này thuận lợi cho hành khách tiếp cận do kết nối trực tiếp với khu trung tâm, tận dụng được kết cấu hạ tầng đường sắt hiện có, tuy nhiên đòi hỏi phải có quy hoạch đồng bộ, dành quỹ đất đủ lớn.
Mô hình ga bố trí gần trung tâm, đường sắt không chạy xuyên tâm như Bắc Kinh (Trung Quốc), Paris (Pháp) phù hợp với đô thị trung tâm có quỹ đất hạn chế, có khả năng dành quỹ đất xây dựng ga đầu mối với quy mô lớn, tạo không gian phát triển đô thị. Tuy nhiên, mức độ tiếp cận của hành khách chưa cao.
Với Hà Nội và TP HCM, khu vực lõi trung tâm phát triển từ lâu, cơ sở hạ tầng thiếu đồng bộ. Quỹ đất tại ga Hà Nội khoảng 14 ha, chỉ đủ bố trí nhà ga, đường tàu, không đủ đất xây dựng quảng trường, bãi đỗ tàu, ga đầu mối. Tương tự, quỹ đất ga Hòa Hưng khoảng 17 ha, không đủ xây dựng ga đầu mối. Hệ thống đường bộ quanh các ga Hà Nội, ga Hòa Hưng đều nhỏ, khó mở rộng.
Do đó, các quy hoạch của ngành giao thông và thành phố đều thống nhất xác định ga đầu mối của tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc Nam là Ngọc Hồi và Thủ Thiêm.
Dự án đường sắt tốc độ cao Bắc Nam được Bộ Giao thông Vận tải đề xuất đi qua 20 tỉnh thành với chiều dài 1.541 km, có 23 ga hành khách và 5 ga hàng hóa. Dự án có tổng mức đầu tư sơ bộ 67,34 tỷ USD, tuyến đường đôi, khổ 1.435 mm, tốc độ thiết kế 350 km/h, tốc độ khai thác 320 km/h, thời gian đi lại giữa Hà Nội và TP HCM khoảng 5,5 giờ.
Theo tính toán của cơ quan soạn thảo, giá vé dự kiến bằng khoảng 75% giá vé máy bay giá rẻ trong thời điểm bình thường. Để phù hợp với khả năng chi trả, thu hút hành khách, vé chia làm 3 mức giá với mức độ tiện nghi khác nhau.
Đoàn Loan