Chiều 7/6, ông Long bị Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (C03) tống đạt quyết định truy cứu trách nhiệm hình sự về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, theo Điều 356 Bộ luật Hình sự. Nhà riêng trên đường Hoàng Hoa Thám bị khám xét.
Sáng cùng ngày, Quốc hội đã bãi nhiệm tư cách đại biểu khóa XV, phê chuẩn cách chức Bộ trưởng Y tế với ông Long. Một ngày trước, trong cuộc họp bất thường của Ban Chấp hành Trung ương, ông bị khai trừ khỏi Đảng.
Cựu bộ trưởng Y tế 56 tuổi bị cáo buộc "lợi dụng chức vụ, quyền hạn làm trái các quy định của pháp luật trong việc cấp số đăng ký lưu hành, hiệp thương giá và kiểm tra giá hiệp thương Kit xét nghiệm Covid-19". Hành vi này gây thiệt hại đặc biệt nghiêm trọng tài sản Nhà nước.
Hiện, ông Long là người giữ chức vụ cao nhất tại Bộ Y tế bị xử lý do liên quan vụ Việt Á. Cuối tháng 12/2021, hai cựu vụ trưởng Nguyễn Nam Liên (Vụ Kế hoạch Tài chính) và Nguyễn Minh Tuấn (Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế) đã bị khởi tố.
Ông làm Thứ trưởng Y tế từ tháng 12/2011, tháng 10/2018 được điều động giữ cương vị Phó ban Tuyên giáo Trung ương. Từ tháng 1/2020, ông trở lại làm Thứ trưởng Y tế và là Bộ trưởng từ tháng 11/2020, khi Covid-19 bùng phát. Thời điểm này, Bộ Y tế đảm đương nhiều công việc từ điều phối lực lượng để điều trị và chi viện các địa phương; tham gia hoạch định các quyết sách chống dịch đến đàm phán nguồn cung vaccine từ nước ngoài...
Hơn 10 ngày trước khi ông Long bị bắt, ông Nguyễn Huỳnh, thư ký của ông Long thời kỳ làm Thứ trưởng Y tế, bị C03 khởi tố, tạm giam với cáo buộc Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Lúc bị bắt hôm 25/5, ông Huỳnh giữ chức Phó phòng Quản lý giá, Cục Quản lý dược, Bộ Y tế.
Bộ Công an cho rằng ông Huỳnh lợi dụng vị trí thư ký lãnh đạo để "giới thiệu, can thiệp và tác động" đến Vụ trưởng Nguyễn Minh Tuấn trong việc Bộ Y tế tiếp nhận, thẩm định hồ sơ xin cấp Số đăng ký lưu hành kit xét nghiệm Covid-19 cho Công ty Việt Á. Vì thế, hồ sơ của Việt Á được cấp trái quy định.
Năm 2020, khi Covid-19 bùng phát, Bộ Khoa học và Công nghệ, Học viện Quân Y nghiên cứu kit xét nghiệm với sự tham gia của Công ty Việt Á ngay từ những ngày đầu để kịp chuyển giao công nghệ, đưa vào sản xuất, phục vụ phòng chống dịch. Tuy nhiên, C03 xác định, Tổng giám đốc Việt Á Phan Quốc Việt đã lợi dụng tính cấp bách của dịch bệnh để rao bán kit test cho các tỉnh, thành, nhằm thu lợi bất chính.
Tháng 12/2021, vụ án nâng khống giá tại Việt Á được điều tra. 6 tháng qua, Sở Y tế, CDC và bệnh viện của 16 tỉnh, thành đã bị cơ quan điều tra cáo buộc có liên quan sai phạm này.
Trong doanh thu khoảng 4.000 tỷ đồng, Việt Á chi "hoa hồng" lót tay cho các đơn vị, cá nhân gần 800 tỷ đồng.