Theo cáo buộc, trong năm 2001-2002, khi đương chức Trưởng phòng cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội Hải Phòng, ông Trọng quen cán bộ hải quan Đồng Xuân Phong. Tháng 8/2009, Phong bị Công an TP HCM khởi tố bị can về tội Buôn lậu và bị truy nã toàn quốc.
Ngày 22/4/2011, ông Trọng với cương vị Phó giám đốc Công an Hải Phòng được cấp dưới báo cáo việc Phong đang trốn ở Hải Phòng. Tuy nhiên, ông Trọng được cho là không chỉ đạo tổ chức truy bắt nghi can này.
Ngày 17/5/2012, khi anh trai là nguyên cục trưởng Hàng hải Việt Nam Dương Chí Dũng bị khởi tố, ông Trọng đã nhờ Phong tham gia đưa anh trốn ra nước ngoài. Hành vi này của ông Trọng bị nhà chức trách xác định có dấu hiệu phạm tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ nên xét xử trong phiên tòa mở ngày 28/8 tới.
Trước đó, tháng 1, những người đưa ông Dương Chí Dũng bỏ trốn đã bị xét xử trong phiên sơ thẩm mở tại TAND Hà Nội. Ông Trọng bị xác định là chủ mưu, lĩnh án 18 năm tù. 6 người tham gia giúp sức bị phạt từ 5 đến 13 năm tù.
Giữa tháng 5, trong phiên phúc thẩm, TAND Tối cao tuyên giảm 2 năm tù với ông Trọng, giữ nguyên mức án với 5 người còn lại có kháng cáo kêu oan hoặc xin giảm hình phạt.
Theo bản án, ngày 17/5/2012, ông Dương Chí Dũng nghe tin bị khởi tố bị can về hành vi cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng đã báo cho em. Ông Trọng sau đó cử người đưa anh từ Hà Nội về huyện Hải Hà (Quảng Ninh).
Việc tổ chức đưa ông Dũng trốn ra nước ngoài được Vũ Tiến Sơn (cựu phó Phòng cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội Công an Hải Phòng) thay mặt ông Trọng giải quyết. Ông Dũng được đưa vào TP HCM, ra cửa khẩu Mộc Bài (Tây Ninh) sang Campuchia rồi tới Singapore. Không xin được visa vào Mỹ, từ Singapore ông Dũng quay lại Campuchia và ở tại đây gần 4 tháng cho tới khi bị bắt (4/9/2012).
Việt Dũng