Bệnh viện có 5 tầng với 300 giường bệnh, diện tích sàn xây dựng hơn 33 nghìn m2. Bên cạnh khu khám điều trị bệnh, ghép tế bào gốc là các khối nhà phụ trợ, sân đường giao thông nội bộ, bãi đậu xe... Bệnh viện cũng phục vụ công tác truyền máu, lưu trữ máu cho ngành y tế thành phố.
Bác sĩ Phù Chí Dũng, Giám đốc Bệnh viện Truyền máu Huyết học TP HCM cho biết bệnh viện cơ sở 1 hiện mỗi ngày tiếp nhận khoảng 500 lượt khám chữa bệnh ngoại trú, gần 200 giường bệnh nội trú luôn trong tình trạng quá tải. Ngân hàng máu năm qua cung cấp khoảng 250.000 túi máu cho tất cả bệnh viện thành phố và một số tỉnh phía Nam. Dự tính đến năm 2020 ngân hàng máu sẽ không đủ công suất phục vụ.
Theo giáo sư Nguyễn Tấn Bỉnh, Giám đốc Sở Y tế TP HCM, bệnh viện được bố trí trong khu viện - trường y tế kỹ thuật cao Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch tại huyện Bình Chánh với diện tích 73 ha. Khu vực này gồm một trường đại học và các bệnh viện đa khoa, chuyên khoa quy mô 3.600 giường bệnh. Đây là cơ sở đào tạo nhân lực y tế cho thành phố và khu vực phía Nam, trung tâm nghiên cứu khoa học, hợp tác quốc tế về đào tạo nguồn nhân lực, ứng dụng khoa học kỹ thuật cao của thế giới trong điều trị bệnh lý nặng, phức tạp.
Bệnh viện Truyền máu Huyết học TP HCM là tuyến cuối về truyền máu huyết học khu vực phía Nam. Năm 1995, bệnh viện thực hiện ca ghép tủy xương đầu tiên Việt Nam. Năm 2002 bệnh viện thực hiện ca ghép máu cuống rốn đầu tiên Việt Nam. Tháng 4/2013, ca dị ghép nửa thuận hợp HLA đầu tiên thành công. Năm 2017 bệnh viện thực hiện ca ghép tế bào gốc không huyết thống đầu tiên Việt Nam, cũng là lần đầu tiên tế bào gốc được một người ở nước ngoài cho và vận chuyển từ Đài Loan về Việt Nam ghép cho bệnh nhân.