Theo Lịch sử Việt Nam, lên kế vị năm 1613 thì đến năm 1614, Nguyễn Phúc Nguyên cho cải tổ bộ máy hành chính, tự bổ dụng tất cả quan lại, thải hồi hết thuộc tướng của họ Trịnh, chia đất Thuận Quảng thành nhiều dinh và bắt đầu đặt Tam ty. Trụ sở chính quyền đặt tại chính dinh (Dinh Cát), gồm ba cơ quan chính là ba ty chính, sau đặt thêm hai ty phụ. Dưới dinh là phủ, huyện hay châu.
Năm 1615, Nguyễn Phúc Nguyên bắt đầu quy định về chức vụ của quan lại ở phủ, huyện. Ngoài ra, chúa Sãi còn chú trọng sửa thành lũy, đặt quan ải, vỗ về quân dân, trong ngoài đâu cũng vui phục.
Năm 1620, hai người em của chúa Sãi là Nguyễn Phúc Hiệp và Nguyễn Phúc Trạch gửi mật thư xin họ Trịnh phát binh, tự mình làm nội ứng, hẹn khi nào việc họ Trịnh xong thì chia Đàng Trong cho trấn giữ.
Chúa Trịnh khi đó là Trịnh Tráng đã điều tướng Nguyễn Khải, phối hợp với hai nội ứng Hiệp và Trạch, đem 5.000 quân vào đóng ở cửa Nhật Lệ (thuộc huyện Phong Lộc) để đợi đánh quân Nguyễn. Nguyễn Phúc Nguyên sai tướng dẹp được hai người em, quân Trịnh phải rút.
Thấy chúa Trịnh vô cớ nổi binh, Nguyễn Phúc Nguyên mới tỏ rõ thái độ đối lập với họ Trịnh, cắt đứt quan hệ lệ thuộc và không nộp thuế hàng năm cho chính quyền Lê - Trịnh ở Đàng Ngoài. Sự kiện này mở đầu cho thời kỳ xung đột đạt đến điểm cao độ, dẫn đến cuộc nội chiến tương tàn kéo dài từ năm 1627 đến năm 1672 giữa hai tập đoàn phong kiến Trịnh - Nguyễn.
Câu 3: Nội chiến Trịnh – Nguyễn gồm bảy cuộc chiến lớn. Chúa Nguyễn Phúc Nguyên tham gia bao nhiêu cuộc?