Theo kết luận thanh tra, năm 2005, Bộ Giáo dục và Đào tạo có văn bản cho phép Đại học Y dược TP HCM và Đại học Tây Nguyên được liên kết đào tạo 70 chỉ tiêu bác sĩ, dược sĩ cho các tỉnh Tây Nguyên, lấy trong tổng chỉ tiêu tuyển sinh năm 2005 của Đại học Tây Nguyên, trong đó có 50 chỉ tiêu ngành Dược và 20 chỉ tiêu ngành Bác sĩ Răng hàm mặt.
Hai trường đã ký kết các hợp đồng đào tạo, theo đó Đại học Y dược TP HCM hỗ trợ cán bộ giảng dạy cho Khoa Y Đại học Tây Nguyên. Việc tổ chức tuyển sinh do Đại học Tây Nguyên thực hiện, sau khi đào tạo 3 năm tại Đại học Tây Nguyên thì sinh viên được chuyển về học tập tại Đại học Y Dược TP HCM.
Từ năm 2006 đến năm 2008, không có văn bản cho phép tuyển sinh của Bộ Giáo dục nhưng hai trường tiếp tục tuyển sinh, đào tạo theo hình thức trên. Tổng số đã tuyển sinh từ năm 2006 đến 2008 là ngành Dược 117, ngành Răng hàm mặt 59.
Kết quả thanh tra cho thấy, Đại học Y dược TP HCM đã đóng dấu, cấp bằng tốt nghiệp cho người học trên phôi văn bằng của Đại học Tây Nguyên chuyển giao. Tổng số văn bằng sử dụng phôi bằng của Đại học Tây Nguyên cụ thể: ngành Dược 125, ngành Răng hàm mặt 67. Hiện còn 9 sinh viên ngành Dược và 10 sinh viên ngành Răng hàm mặt chưa tốt nghiệp.
Năm 2008, Đại học Y dược TP HCM được Bộ Giáo dục giao bổ sung 50 chỉ tiêu đào tạo Bác sĩ đa khoa và 50 chỉ tiêu đào tạo Dược sĩ để tăng cường cán bộ cho khoa Y dược của Đại học Đà Nẵng mới được thành lập. Theo đó, Đại học Y Dược TP HCM sẽ hỗ trợ và bồi dưỡng cán bộ giảng dạy, xây dựng chương trình đào tạo chi tiết cho Khoa Y Dược của Đại học Đà Nẵng.
Năm 2009, Đại học Y dược TP HCM tiếp tục liên kết với Đại học Đà Nẵng để tuyển sinh mà không đề nghị Bộ Giáo dục giao chỉ tiêu. Số lượng đã tuyển sinh là bác sĩ đa khoa 18, dược sĩ 27.
Bên cạnh đó, Thanh tra Bộ Giáo dục còn cho rằng Đại học Y Dược TP HCM chưa thực hiện việc thẩm định, lựa chọn giáo trình phục vụ giảng dạy theo quy định; không có quy trình chung về quản lý đào tạo mà các khoa tự quyết định, xây dựng chương trình...
Số lượng giảng viên do trường báo cáo cũng lớn hơn con số thực tế. Cụ thể, tại thời điểm xác định chỉ tiêu thì trường có 970 giảng viên cơ hữu trong đó có 13 giáo sư, 106 phó giáo sư, 114 tiến sĩ, 347 thạc sĩ... Tổng số giảng viên quy đổi là 1.081. Tuy nhiên, con số kiểm tra thực tế giảm 197 giảng viên (quy đổi) so với số liệu trường báo cáo. Kiểm tra 23 hồ sơ giảng viên, thanh tra phát hiện 21/23 không có chứng chỉ nghiệp vụ sư phạm.
Khi kiểm tra hồ sơ cấp bằng của 16 trường hợp có phản ánh việc đào tạo quá thời gian học tập, Thanh tra Bộ phát hiện trường đã cấp bằng cho 13 trường hợp có thời gian học tập từ 10 đến 27 năm. Trong đó, có sinh viên được công nhận tốt nghiệp năm 2014 khi không đủ điều kiện và có thời gian đào tạo kể từ khi trúng tuyển đến khi được công nhận tốt nghiệp vượt quá thời gian được phép (27 năm).
Thanh tra Bộ yêu cầu Đại học Y Dược TP HCM bổ sung các điều kiện như chứng chỉ nghiệp vụ sư phạm, rà soát các hợp đồng giảng viên, thực hiện nghiêm quy định về đào tạo liên kết... Thanh tra cũng đề nghị huỷ bỏ kết quả và bằng chứng nhận tốt nghiệp của sinh viên sau 27 năm trúng tuyển, rà soát các trường hợp vượt quá thời gian tối đa được phép để huỷ bỏ kết quả và thu hồi bằng.
Hiệu trưởng, Hiệu phó phụ trách đào tạo được yêu cầu kiểm điểm trách nhiệm, báo cáo kết quả về Bộ Giáo dục, Bộ Y tế trước ngày 30/6.
Lan Hạ