Trong bảng xếp hạng QS năm 2015, Đại học Quốc gia Hà Nội duy trì là đại học Việt Nam thuộc top 200 đại học hàng đầu châu Á (kể từ năm 2014) với thứ hạng trong nhóm 191-200, đồng thời duy trì vị trí số 1 Việt Nam trong bảng xếp hạng này (kể từ năm 2009).
Cũng trong năm 2015, bảng xếp hạng Scimago cho thấy Đại học Quốc gia Hà Nội có vị trí số 1 của các đại học Việt Nam về tổng số bài báo khoa học công bố, tuy nhiên thứ hạng thế giới ở vị trí 1.895. Các đại học Việt Nam ở vị trí tiếp theo là Đại học Quốc gia TP HCM và Đại học Bách khoa Hà Nội.
Mới đây, Bộ Khoa học Công nghệ đánh giá và công bố 20 tổ chức có năng lực công bố tốt nhất Việt Nam. Nhưng bảng này chỉ xếp hạng các cơ sở nghiên cứu và đào tạo có trên 100 bài báo xuất bản trong năm trước đó. Do vậy, tên các trường đại học Việt Nam còn rất ít.
Trong bảng xếp hạng URAP, trường có vị trí số 1 Việt Nam đứng thứ 1.196 trong hệ thống các trường đại học trên thế giới, tiếp theo là Đại học Quốc gia TP HCM, Đại học Bách khoa Hà Nội, Đại học Cần Thơ và Đại học Y Hà Nội.
Vị trí của Đại học Quốc gia trong một số bảng xếp hạng:
| Bảng xếp hạng | Thứ hạngở Việt Nam | Thứ hạng quốc tế |
| QS | 1 | 190 - 200 (châu Á) |
| Scimago | 1 | 1.893 (thế giới) |
| URAP | 1 | 1.196 (thế giới) |
| Webometrics | 1 | 1.133 (thế giới) |
Phó giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội Nguyễn Hữu Đức cho biết, 5 năm trước xếp hạng đại học là vấn đề còn xa lạ với các đại học Việt Nam, nhưng khi đất nước hội nhập thì thứ hạng rất quan trọng. Đại học Quốc gia vì thế đã ban hành bộ tiêu chí đại học nghiên cứu làm cơ sở để các đơn vị đào tạo định vị hiện trạng, xác định đúng kế hoạch phát triển để ưu tiên đầu tư, đạt chuẩn đại học nghiên cứu của khu vực và quốc tế.
"Trong các bảng xếp hạng, ngoài sự có mặt của các đại học truyền thống của ta, một số trường mới thành lập, nhưng đã có cách tiếp cận quản trị tốt theo các bộ chỉ số của đại học hiện đại như trường Hoa Sen, Duy Tân, Quảng Bình, Tôn Đức Thắng… nên đã có thứ hạng quốc gia tốt trong bảng xếp hạng Webometrics. Điều này thể hiện một bước tiến mới của đại học ở Việt Nam", Phó giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội nói.
Lan Hạ