Năm 1954, hiệp định Giơnevơ được ký kết. Cùng với việc tập kết bộ đội và cán bộ miền Nam ra Bắc, Chủ tịch Hồ Chí Minh, Đảng, Chính phủ chủ trương đưa học sinh từ 6 -7 tuổi cho đến 19-20 tuổi là con em cán bộ, chiến sĩ, đồng bào miền Nam từ các địa phương ra miền Bắc học tập. Nhiệm vụ là đào tạo thành đội ngũ kế cận cho cách mạng miền Nam cũng như cách mạng cả nước sau này.
Khi ông Hoàng Quốc Việt dẫn đầu đoàn đại biểu vào Nam nắm tình hình chuyển quân, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã căn dặn: "…Nhắc nhở các cấp, các ngành quân, dân, chính ở miền Nam thực hiện nghiêm túc và chuẩn bị chu đáo việc đưa thiếu nhi, học sinh miền Nam tập kết theo đúng tiêu chuẩn, chính sách, khẩn trương và đảm bảo an toàn".
Từ năm 1954 đến 1975, hơn 32.000 học sinh miền Nam bằng nhiều con đường như theo bộ đội tập kết, đi tàu thủy ra Thanh Hóa, Hải Phòng, đi bộ vượt Trường Sơn... lần lượt ra vùng giải phóng. Những "hạt giống đỏ" năm xưa nằm trong diện tập kết do Bộ Giáo dục quản lý bao gồm: con em cán bộ miền Nam theo cha mẹ tập kết, học sinh có thành tích cao, con liệt sĩ. Ngoài ra, còn có học sinh vượt tuyến, học sinh miền Nam (Bình Trị Thiên, liên khu V) được ra Bắc học trong kháng chiến, nhưng không có cha mẹ ở miền Bắc và không liên lạc được với gia đình để có tiền tiếp tục ăn học. Một số cán bộ, bộ đội dưới 18 tuổi cũng được cho đi học văn hóa.
Thời gian đầu, học sinh được đón tiếp ở Sầm Sơn (Thanh Hóa), Cửa Hội (Nghệ An). Chỉ trong 2 tháng cuối năm 1954, hơn 5.000 học trò miền Nam đã ra Bắc học tập. Sau này học sinh đông, các địa phương trên không đáp ứng được nơi ăn ở, chăm sóc y tế, trường lớp. Bộ Giáo dục và các bộ ngành liên quan được giao nhiệm vụ xây dựng những trường nội trú "thuận tiện giao thông, gần Hà Nội, gần Hồ Chủ tịch, gần Chính phủ" dành riêng cho học sinh miền Nam ăn học.
28 trường học sinh miền Nam (tên trường được gọi theo số thứ tự từ 1 đến 28) được thành lập ở các địa phương xung quanh Hà Nội, như: Hà Tây (cũ), Hưng Yên, Vĩnh Phúc, Bắc Giang, Quảng Ninh, Hải Phòng, Hà Nam… Nơi có nhiều trường nhất gồm Hà Đông (12 trường), thành phố Hải Phòng (10 trường). Ngoài ra, còn có các trại nhi đồng miền Nam và khu học sinh ở Quế Lâm, Nam Ninh (Trung Quốc) và hàng nghìn học sinh được gửi đi đào tạo ở Liên Xô, Đức.
Quy trình đào tạo học sinh miền Nam từ cấp nhà trẻ mẫu giáo, liền mạch đến trung học chuyên nghiệp, đại học. Những người có năng lực thì được chọn đi học cao hơn để về phục vụ đất nước. Học sinh miền Nam được đào tạo đa dạng các ngành nghề khoa học xã hội, khoa học tự nhiên, khoa học quân sự, từ công nhân kỹ thuật thực hành đến chuyên gia nghiên cứu. Phương pháp đào tạo là tổ chức các trường nội trú, cùng nuôi dưỡng và dạy học.
Thực hiện tinh thần "Tất cả vì học sinh miền Nam thân yêu", đội ngũ giáo viên giảng dạy được lựa chọn kỹ càng, đào tạo bài bản, có trình độ và khả năng sư phạm. Đội ngũ này xuất phát từ hai nguồn, hoặc là giáo viên tập kết, lão luyện tay nghề, hoặc thầy cô được đào tạo ở các trường sư phạm miền Bắc, hoặc ở Trung Quốc để dạy học sinh miền Nam. Thầy cô cũng phải tạm xa gia đình, cùng ăn cùng ở, vừa giảng dạy vừa thay người thân chăm lo cho học trò miền Nam.
Trong những ngày đầu tập kết, chưa xây dựng được trường lớp, người dân miền Bắc dù còn nhiều khốn khó đã nhường cơm, sẻ áo, đùm bọc, đón nhận những đứa con của đồng bào, đồng chí miền Nam. Ngược lại, học sinh miền Nam cùng nhân dân miền Bắc khắc phục khó khăn, tiếp sức cho miền Nam đánh giặc. Các lứa học sinh miền Nam đã góp sức lao động sản xuất, đắp đê Gia Lương (Hà Bắc) bị vỡ, nạo vét kênh dẫn nước chống hạn hán ở Chương Mỹ (Hà Nội),
Có mặt trong buổi Nhà báo Đức Lượng, nguyên Phó tổng biên tập báo Nhân dân chia sẻ: "Ngày ấy, nhân dân miền Bắc mới được giải phóng, vừa cải cách ruộng đất, vừa khôi phục hòa bình, đời sống còn nhiều khó khăn. Nông dân huyện Quảng Xương (Thanh Hóa), nơi chúng tôi đặt chân đến còn đang đói. Khoai lang vừa bói củ bằng ngón tay đã phải dỡ lên ăn. Người già ốm đau, trẻ con được bát cháo hoa là điều hiếm lắm. Vậy mà chúng tôi có tất cả để ăn học nên người". Còn diễn viên điện ảnh, nghệ sĩ nhân dân Trà Giang (học sinh miền Nam tập kết ra Bắc năm 1955) gọi quãng thời gian học trường miền Nam ở Hải Phòng là những tháng năm tươi đẹp nhất đời.
Năm 1975, miền Nam được giải phóng, các học sinh được đưa trở lại quê hương tiếp tục học tập, công tác, một số ở lại miền Bắc làm việc và xây dựng gia đình. Các trường học sinh miền Nam trên đất Bắc cũng dần đóng cửa. Cuộc dịch chuyển học sinh quy mô lớn nhất lịch sử được đánh giá thành công trên cả ba phương diện: đào tạo con người, mô hình giáo dục và chiến lược đào tạo lâu dài.
Phần lớn học sinh miền Nam sau tốt nghiệp phổ thông trung học được tuyển vào các trường đại học, cao đẳng trên cả nước và cử đi đào tạo ở nước ngoài. Đến năm 1975, hơn 15.000 học sinh miền Nam được đào tạo qua bậc đại học và sau đại học ở các trường đại học trong và ngoài nước.
Nhiều người trở thành cán bộ cao cấp trong chính quyền, như các ông Trương Quang Được, nguyên Ủy viên Ban chấp hành Trung ương Đảng; bà Trần Thị Thanh Thanh, nguyên Bộ trưởng, Chủ nhiệm Ủy ban Bảo vệ và Chăm sóc trẻ em; ông Nguyễn Bá Thanh, Trưởng ban Nội chính Trung ương; Thượng tướng công an Nguyễn Khánh Toàn; đại tá phi công Nguyễn Văn Nghĩa, nguyên Hiệu trưởng trường Hàng không Việt Nam. Nhiều học sinh miền Nam ra Bắc khi còn tuổi nhi đồng, sau này làm rạng danh học sinh miền Nam, như Chủ tịch Ủy ban Trung ương Mặt trận tổ quốc Việt Nam Nguyễn Thiện Nhân, Chủ nhiệm Ủy ban Dân tộc Kso Phước...
Chia sẻ trong buổi tri ân thầy cô từng dạy học trò miền Nam trên đất Bắc chiều 13/12, GS.TS Lê Du Phong, nguyên Hiệu trưởng ĐH Kinh tế quốc dân, Trưởng ban liên lạc học sinh miền Nam trên đất Bắc khẳng định: "Các thế hệ học sinh miền Nam dù ở đâu, trên cương vị nào cũng không bao giờ quên công ơn của Đảng, Bác Hồ, các thầy, cô, chú đã nuôi dưỡng, tình cảm của đồng bào miền Bắc dành cho các thế hệ học trò miền Nam. Có học sinh trước khi trút hơi thở cuối cùng, đã dặn dò anh em rằng 'Hãy ghi trên bia mộ tôi là học sinh miền Nam và nhớ khi gặp lại thầy cô, cho tôi gửi lời thăm hỏi và xin lỗi vì những điều đã làm các thầy cô phiền lòng".
Về mô hình giáo dục, dù chỉ tồn tại 21 năm (1954–1975), các trường học sinh miền Nam trên đất Bắc được đánh giá là đã góp phần đào tạo hàng chục nghìn người con ưu tú đáp ứng yêu cầu cung cấp cán bộ, nhân tài cho các ban ngành, địa phương của miền Nam và trên cả nước. Trường học sinh miền Nam là mô hình, phương pháp tổ chức, đào tạo giáo dục của một loại hình giáo dục đặc biệt để lại nhiều bài học cho ngành trong chiến lược trồng người của đất nước.
Việc đưa học sinh miền Nam ra ngoài Bắc học tập được coi là quyết sách đúng đắn, kịp thời, thể hiện tầm nhìn chiến lược của Đảng, Chính phủ, Chủ tịch Hồ Chí Minh đối với việc chuẩn bị đội ngũ cán bộ phục vụ cho công cuộc đấu tranh giải phóng miền Nam, đặc biệt là việc xây dựng lại miền Nam khi nước nhà thống nhất. Cố Thủ tướng Phạm Văn Đồng từng đánh giá: "Đây là vườn ươm đặc biệt, ươm những hạt giống quý báu vào bậc nhất mà Bác Hồ, Đảng, Nhà nước và nhân dân miền Bắc đã dành cho miền Nam từ những ngày gian khó".
Hoàng Phương